Os inibidores do HIF-3α são constituídos por uma vasta gama de compostos que interferem com a via de sinalização do HIF a diferentes níveis, incluindo a ligação ao ADN, a estabilidade da proteína e a atividade transcricional. Estes inibidores não têm como alvo direto o HIF-3α, mas modulam a via de sinalização da hipóxia, resultando numa redução da atividade do HIF-3α. Por exemplo, a equinomicina actua bloqueando diretamente o local de ligação ao ADN do HIF, impedindo assim a ativação transcricional dos genes responsivos à hipóxia. Do mesmo modo, a YC-1 e a digoxina perturbam a síntese e a estabilidade das subunidades do HIF-α, o que pode levar a uma diminuição dos níveis ou da atividade do HIF-3α devido à perturbação dos ciclos de feedback homeostático na família HIF.
Alguns inibidores, como o topotecano e o chetomin, visam a maquinaria molecular de que os HIFs dependem para a sua atividade transcricional, enquanto outros, como o KC7F2 e o PX-478, modulam a atividade transcricional dos HIFs. O SAHA, o celastrol e a berberina exercem uma inibição indireta através da modulação epigenética ou afectando as vias de degradação proteasómica, que têm impacto no HIF-3α entre uma multiplicidade de alvos celulares.
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