Os inibidores químicos da HDA5 funcionam principalmente através da obstrução da capacidade da enzima para desacetilar as proteínas histónicas, um processo fundamental na regulação da expressão genética nas células. A Tricostatina A, o Vorinostat e o Panobinostat, por exemplo, funcionam ligando-se à HDA5 e impedindo a sua atividade de desacetilase. Esta interação leva a uma acumulação de histonas acetiladas, que não são capazes de sofrer o processo normal de desacetilação que o HDA5 normalmente facilita. Do mesmo modo, o Belinostat e a Romidepsina exercem o seu efeito inibidor associando-se ao local ativo da HDA5, impedindo assim a capacidade da enzima de interagir com as histonas e de desempenhar a sua função de remoção dos grupos acetilo. A chidamida segue o mesmo mecanismo, ligando-se à HDA5 e alterando a sua atividade, o que resulta num aumento do número de histonas acetiladas na célula.
Além disso, o ácido valpróico e o butirato de sódio, embora tenham utilizações primárias diferentes, também apresentam atividade inibidora da HDA5, aumentando o nível de acetilação das histonas, afectando assim a estrutura da cromatina e alterando a expressão dos genes regulados pela HDA5. O SAHA, outro nome para o Vorinostat, liga-se ao HDA5 e bloqueia a função desacetilante da enzima, levando a alterações na expressão dos genes. O entinostato, o mocetinostato e a tacedinalina, todos inibidores da HDAC, podem inibir a HDA5 ligando-se ao seu domínio de desacetilase, impedindo assim a enzima de desacetilar as proteínas histónicas. Esta inibição resulta na persistência da acetilação nas histonas, o que subsequentemente tem impacto no controlo transcricional que o HDA5 normalmente exerceria sobre os seus genes alvo.
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