Os inibidores químicos da EGFL3 podem exercer a sua ação inibidora através de vários mecanismos que impedem a capacidade da proteína de interagir e modular a matriz extracelular (ECM) e as vias de sinalização subsequentes. O Marimastat, o Batimastat e o GM6001 são inibidores da metaloprotease da matriz (MMP) de largo espetro que podem estabilizar a MEC, o que é crucial para a integridade estrutural e as funções de sinalização em que proteínas como a EGFL3 estão envolvidas. Ao inibir as MMP, estas substâncias químicas podem impedir a remodelação da MEC, um processo que o EGFL3 pode facilitar. Esta inibição pode levar à supressão funcional da capacidade do EGFL3 para promover a migração e invasão celular, processos frequentemente associados à degradação e reorganização da MEC.
Adicionalmente, o papel do EGFL3 nas vias de sinalização pode ser interrompido através da seleção dos receptores de tirosina quinase que o EGFL3 pode envolver. O PD168393, o Erlotinib, o Gefitinib, o Lapatinib e o AG1478 são inibidores da tirosina quinase EGFR, enquanto o SU5402 tem como alvo a tirosina quinase FGFR. Estes inibidores podem bloquear a ativação e a sinalização subsequentes destes receptores, que o EGFL3 poderia potencialmente ativar. Ao impedir a fosforilação do recetor e a subsequente cascata de sinalização intracelular, estes produtos químicos podem inibir o papel funcional do EGFL3 na proliferação e diferenciação celular. O AG490, um inibidor da JAK2, pode suprimir a via de sinalização JAK/STAT, inibindo potencialmente as consequências funcionais da ação do EGFL3 nesta via, como a transcrição de genes e o crescimento celular. O DAPT, como inibidor da γ-secretase, pode bloquear a divisão de receptores transmembranares como o Notch, que o EGFL3 pode influenciar. A inibição da γ-secretase pode, por conseguinte, suprimir a sinalização Notch e as subsequentes alterações da expressão genética mediadas pelo EGFL3. Por último, o LY294002 inibe a PI3K, que é essencial para a sinalização da AKT; ao inibir esta via, o LY294002 pode interromper os sinais pró-sobrevivência e proliferativos que o EGFL3 pode promover.
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