Os inibidores da BRWD3 constituem uma classe diversificada de produtos químicos que visam principalmente os bromodomínios e modificam os padrões de acetilação das histonas, influenciando potencialmente as interacções e a função da BRWD3. Os inibidores do bromodomínio, como o JQ1 e o I-BET151, ligam-se especificamente à bolsa de reconhecimento da acetil-lisina nos bromodomínios. Esta ligação pode prejudicar a capacidade da BRWD3 para reconhecer e ligar-se a lisinas acetiladas em histonas ou outras proteínas, um aspeto fundamental da sua modalidade de interação proteína-proteína.
Os inibidores da histona desacetilase, como o VPA e o SAHA, representam outro segmento dos inibidores da BRWD3. Estes compostos aumentam os níveis globais de acetilação das histonas. As histonas acetiladas podem servir como locais de acoplamento para proteínas que possuem bromodomínios. Assim, um aumento da acetilação das histonas pode levar a uma alteração do panorama das interacções proteína-proteína para a BRWD3. Por outro lado, compostos como GSK126 e UNC1999 inibem a atividade de metiltransferase de enzimas como EZH2.
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