Os inibidores químicos do AW209491 podem afetar a sua atividade através de vários mecanismos, dependendo das vias de sinalização em que a proteína está envolvida. A esturosporina, um potente inibidor da proteína quinase, tem como alvo não seletivo as proteínas quinases, que são cruciais para os processos de fosforilação na célula. Ao inibir estas cinases, a esturosporina pode impedir a fosforilação que é essencial para a ativação do AW209491. Do mesmo modo, a bisindolilmaleimida I visa especificamente a proteína quinase C (PKC), e a inibição por esta substância química levaria a uma diminuição da atividade do AW209491 se a fosforilação mediada pela PKC fosse necessária para a sua função.
O imatinib funciona através da inibição selectiva de determinadas tirosina quinases que se sabe estarem a montante do AW209491, bloqueando assim os eventos de sinalização necessários para a ativação do AW209491. Num mecanismo paralelo, o gefitinib inibe a tirosina quinase do recetor do fator de crescimento epidérmico (EGFR), o que também pode levar a uma diminuição da atividade do AW209491 se a sinalização do EGFR for necessária para a sua função. O LY294002 e a Wortmannin têm ambos como alvo as fosfoinositídeo 3-quinases (PI3K), que desempenham um papel fundamental na via PI3K/Akt. A inibição desta via resultaria numa redução da atividade do AW209491 se este fosse um efector a jusante. A triciribina actua inibindo a própria Akt, o que apoia ainda mais a inibição do AW209491 se este for ativado pela sinalização mediada pela Akt.
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