Plasmide CRISPR/Cas9 KO TNF-R1 (m2): sc-423442-KO-2

Présentation

Tnfrsf1a code le TNF‑R1, un récepteur du TNF largement exprimé qui initie la transduction du signal en réponse au TNF‑α. Après liaison du ligand, TNF‑R1 assemble des complexes proximaux au récepteur qui se couplent aux voies de signalisation NF‑κB et MAPK afin de réguler l’expression des gènes inflammatoires, tandis que la formation de complexes alternatifs peut activer l’apoptose dépendante des caspases ainsi que la nécroptose médiée par RIPK1/RIPK3. Dans les systèmes murins, TNF‑R1 constitue un nœud central contrôlant l’activation de l’immunité innée, les réseaux de cytokines et les décisions de destinée cellulaire qui façonnent l’homéostasie tissulaire. Une signalisation TNF‑R1 dérégulée est impliquée dans des modèles d’inflammation chronique et de pathologies à médiation immunitaire, faisant de Tnfrsf1a une cible clé pour les études mécanistiques de la signalisation inflammatoire et de la mort cellulaire programmée.

Le TNF-R1 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (m2) est un ensemble de plasmides conçus pour la disruption ciblée du gène Tnfrsf1a dans les lignées cellulaires mouse. Chaque plasmide du pool co-exprime un sgRNA unique, ciblant un site distinct au sein du locus Tnfrsf1a, ainsi que la nucléase Cas9 de Streptococcus pyogenes, et code pour la GFP afin de permettre l'identification par fluorescence et l'enrichissement des cellules transfectées avec succès. Cette stratégie multi-guide augmente la probabilité d'induire des décalages de cadre ou des délétions produisant un knock-out fonctionnel, offrant ainsi une alternative plus robuste aux approches à guide unique. Les cassures double brin (DSB) induites à plusieurs sites sont résolues par jonction non homologue (NHEJ) ou, lorsqu'elles sont utilisées avec le modèle donneur HDR inclus, par réparation dirigée par homologie (HDR) à un site cible défini au sein du locus.

Lorsqu'il est utilisé en conjonction avec le donneur HDR exprimant la RFP, les fluorescences GFP et RFP peuvent être utilisées conjointement pour distinguer les populations de cellules transfectées de celles éditées, rationalisant ainsi les workflows de tri par cytométrie en flux et de sélection de clones.

Donneur de réparation dirigée par homologie (HDR) — Cassette de puromycine avec rapporteur RFP

Pour les applications nécessitant des clones knock-out confirmés et sélectionnables, le TNF-R1 plasmide HDR (m2) comprend une construction donneuse HDR contenant une cassette de résistance à la puromycine (PuroR) et un rapporteur protéine fluorescente rouge (RFP), flanquée de bras d'homologie spécifiques à un site cible Tnfrsf1a défini.
Lorsqu'il est co-transfecté avec le plasmide TNF-R1 CRISPR/Cas9 KO (m2):

• La cassette PuroR-RFP s'intègre au site de coupure de Cas9 via HDR, perturbant le cadre de lecture ouvert Tnfrsf1a.
  La fluorescence RFP fournit un indicateur visuel immédiat de la réussite de l'intégration, permettant l'identification ou le tri par fluorescence des cellules éditées avant ou parallèlement à la sélection par la puromycine.
  Les cellules éditées avec succès sont confirmées par leur résistance à la puromycine, ce qui réduit considérablement la charge de criblage des clones.
  Cette stratégie de sélection est idéale pour générer des lignées cellulaires KO clonales stables destinées à des études fonctionnelles en aval, au criblage de médicaments ou au développement de modèles.

Système de suppression de la cassette Cre-lox

La construction donneuse HDR comporte des sites loxP flanquant la cassette de sélection PuroR-RFP afin de permettre une suppression propre du marqueur après confirmation du clone. L'expression transitoire de la recombinase Cre via le vecteur Cre inclus Cre Vector: sc-418923 excise la cassette, laissant un site loxP résiduel minimal au sein du locus Tnfrsf1a et éliminant les effets de confusion potentiels sur les tests en aval.
Cette approche en deux étapes :

• Minimise la perturbation de l'architecture locale de la chromatine et des éléments régulateurs voisins
  Restaure un contexte génomique quasi-naturel au niveau du locus édité
  Permet la réutilisation de la stratégie de sélection à la puromycine dans la même lignée cellulaire pour des modifications supplémentaires

Caractéristiques principales

• gRNA ciblant le ou les exons Tnfrsf1a essentiels à la fonction TNF-R1
  Co-expression de SpCas9 et de sgRNA à partir d'un seul plasmide pour une administration simplifiée
  Donneur HDR avec résistance à la puromycine pour une sélection positive des clones
  Cassette PuroR flanquée de loxP avec vecteur de recombinase Cre pour une suppression transparente du marqueur
  Fourni prêt à l'emploi pour une administration par transfection

Réservé à la recherche. N'est pas destiné à un usage diagnostique ou thérapeutique.