HYPB Plasmide KO CRISPR/Cas9 (h): sc-402789

Panoramica

SETD2, noto anche come HYPB, codifica la principale istone metiltransferasi responsabile della trimetilazione della lisina 36 dell’istone H3 (H3K36me3) lungo i corpi genici attivamente trascritti. Questa modificazione coordina l’allungamento della trascrizione con la processazione dell’RNA co-trascrizionale, l’organizzazione della cromatina e il reclutamento dei macchinari di riparazione del DNA, collegando l’attività di SETD2 al mantenimento della stabilità del genoma. L’H3K36me3 dipendente da SETD2 contribuisce inoltre a determinare la scelta della via di riparazione durante la ricombinazione omologa e supporta una corretta dinamica delle forcelle di replicazione. La funzione alterata di SETD2 e i pattern di metilazione di H3K36 perturbati sono spesso studiati nel contesto della deregolazione epigenetica oncogenica, dello stress trascrizionale e dei difetti nella risposta al danno al DNA.

Il plasmide CRISPR/Cas9 KO HYPB (h) è un pool di plasmidi progettato per la distruzione mirata del gene SETD2 in linee cellulari human. Ciascun plasmide co-esprime un singolo RNA guida (sgRNA) unico che prende di mira un sito distinto all'interno del SETD2 insieme alla nucleasi Cas9 di Streptococcus pyogenes. I plasmidi codificano anche per la GFP, consentendo l'identificazione fluorescente e l'arricchimento delle cellule trasfettate con successo tramite microscopia a fluorescenza o citometria a flusso.

Il design multi-guida aumenta la probabilità di generare inserzioni o delezioni (indels) che interrompono il frame di lettura aperto SETD2 a seguito della formazione di rotture a doppio filamento mediate da Cas9. Le rotture del DNA introdotte dal sistema CRISPR/Cas9 vengono riparate attraverso vie endogene di giunzione non omologa (NHEJ), che spesso provocano mutazioni con spostamento del frame che annullano l'espressione della proteina HYPB.

Questo sistema di knockout CRISPR consente la generazione efficiente di modelli cellulari carenti di SETD2 per lo studio della segnalazione di HYPB, studi di genomica funzionale, ricerca sulla biologia del cancro e valutazione delle risposte terapeutiche in linee cellulari umane.

Caratteristiche principali

• sgRNA mirati agli esoni SETD2 critici per la funzione di HYPB
  Co-espressione di SpCas9 e sgRNA da un singolo plasmide per una somministrazione semplificata
  Reporter GFP per l'identificazione delle cellule trasfettate
  Pool di plasmidi mirati a più siti genomici di SETD2 per migliorare l'efficienza del knockout
  Compatibile con la somministrazione tramite trasfezione

Varianti di progettazione

CRISPR +/- HDR

• Gli gRNA codificati dal HYPB CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h) e dal HYPB CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h2) prendono di mira siti distinti all'interno del locus SETD2. Potrebbe essere disponibile uno o entrambi i design di targeting. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.
  I costrutti donatori HDR codificati dal HYPB Plasmide HDR (h) e il plasmide HDR HYPB (h2) contengono una cassetta di resistenza alla puromicina e un reporter RFP affiancato da bracci di omologia SETD2 per supportare la riparazione diretta dall'omologia in siti bersaglio SETD2 definiti corrispondenti ai disegni CRISPR/Cas9 KO. La disponibilità dei donatori HDR può variare. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.

Solo per uso di ricerca. Non destinato a uso diagnostico o terapeutico.