2B28 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (m): sc-432576

Übersicht

Ubxn1 (auch als 2B28 bezeichnet) kodiert ein Adapterprotein mit UBX-Domäne, das ubiquitinabhängige Prozesse mit der AAA+-ATPase p97/VCP verknüpft und so die Extraktion und den Abbau von Substraten koordiniert. Durch diese Kopplung trägt UBXN1 zur Kontrolle der Proteostase bei, einschließlich der ER-assoziierten Degradation (ERAD), der Regulation der Proteinkontrolle (Protein Quality Control) und der Modulation stressresponsiver Signalwege. UBXN1 wurde mit Signalwegen in Verbindung gebracht, die den Zellzyklusverlauf und den Umgang mit fehlgefalteten oder aggregationsanfälligen Proteinen beeinflussen, wodurch es mit Mechanismen verknüpft ist, die für Neurodegeneration und Krebsbiologie relevant sind. In Mausmodellen bietet eine Störung von Ubxn1 einen gut handhabbaren Ansatz, um p97/VCP-zentrierte Netzwerke und das ubiquitinvermittelte Umgestalten von Proteinkomplexen zu untersuchen.

Das 2B28 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (m) ist ein Pool von Plasmiden, die für die gezielte Disruption des Ubxn1-Gens in mouse-Zelllinien entwickelt wurden. Jedes Plasmid koexprimiert eine einzigartige Single-Guide-RNA (sgRNA), die auf eine bestimmte Stelle innerhalb des Ubxn1-Gens abzielt, zusammen mit der Streptococcus pyogenes Cas9-Nuklease. Die Plasmide kodieren zudem für GFP, was die fluoreszente Identifizierung und Anreicherung erfolgreich transfizierter Zellen mittels Fluoreszenzmikroskopie oder Durchflusszytometrie ermöglicht.

Das Multi-Guide-Design erhöht die Wahrscheinlichkeit, dass Insertionen oder Deletionen (Indels) entstehen, die den offenen Leserahmen von Ubxn1 nach der Cas9-vermittelten Bildung von Doppelstrangbrüchen unterbrechen. Durch das CRISPR/Cas9-System verursachte DNA-Brüche werden über endogene NHEJ-Wege (Non-Homologous End Joining) repariert, was häufig zu Frameshift-Mutationen führt, die die 2B28-Proteinexpression aufheben.

Dieses CRISPR-Knockout-System ermöglicht die effiziente Erzeugung von Ubxn1-defizienten Zellmodellen zur Untersuchung der 2B28-Signalübertragung, für funktionelle Genomstudien, in der Krebsbiologieforschung sowie zur Bewertung therapeutischer Reaktionen in menschlichen Zelllinien.

Hauptmerkmale

• sgRNAs, die auf Ubxn1-Exone abzielen, die für die 2B28-Funktion entscheidend sind
  Ko-Expression von SpCas9 und sgRNA aus einem einzigen Plasmid zur vereinfachten Verabreichung
  GFP-Reporter zur Identifizierung transfizierter Zellen
  Pool von Plasmiden, die auf mehrere Ubxn1-Genomstellen abzielen, um die Knockout-Effizienz zu verbessern
  Kompatibel mit der Verabreichung durch Transfektion

Designvarianten

CRISPRs +/- HDRs

• gRNAs, die vom 2B28 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (m) und vom 2B28 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (m2) kodiert werden, zielen auf unterschiedliche Stellen innerhalb des Ubxn1-Lokus ab. Es kann ein oder beide Targeting-Designs verfügbar sein. Siehe „Verwandte Produkte“ für Verfügbarkeit.
  HDR-Donorkonstrukte, kodiert durch das 2B28 HDR-Plasmid (m) und 2B28 HDR-Plasmid (m2) kodiert, enthalten eine Puromycin-Resistenzkassette und einen RFP-Reporter, flankiert von Ubxn1-Homologiearmen, um die homologe Reparatur an definierten Ubxn1-Zielstellen entsprechend den CRISPR/Cas9-KO-Designs zu unterstützen. Die Verfügbarkeit von HDR-Donoren kann variieren. Siehe „Verwandte Produkte“ für Verfügbarkeit.

Nur für Forschungszwecke. Nicht für diagnostische oder therapeutische Zwecke bestimmt.