ZNF682の化学的阻害剤は、その機能を阻害するために様々な戦略を用いている。ジスルフィラムは、ZNF682内のジンクフィンガードメインの構造的完全性に不可欠な亜鉛イオンをキレートすることによって作用する。このキレート作用はZNF682の構造破壊につながり、遺伝子発現を制御する能力を直接阻害する。クロトリマゾールは、ジンクフィンガーモチーフへの親和性により、同様にZNF682のDNA結合能を阻害し、直接的な機能阻害をもたらす。Ebselenはシステイン残基を標的としており、ZNF682内に存在しアクセス可能であれば、結合時にその活性を変化させることになる。ピリチオン亜鉛は、亜鉛の恒常性を乱すことにより、間接的にZNF682のジンクフィンガードメインの形成を損ない、DNA結合の役割に影響を与える。1,10-フェナントロリンの金属イオンキレート特性は、ZNF682が利用できる亜鉛イオンに影響を与え、その機能を阻害する可能性がある。また、クリオキノールの亜鉛イオンや銅イオンと結合する能力も、亜鉛依存性の構造ドメインに影響を与えることにより、ZNF682を阻害する可能性がある。
亜鉛を標的とする薬剤に加えて、PDTC(ピロリジンジチオカルバメート)は、金属イオンのキレート化によって亜鉛フィンガー構造を変化させることにより、ZNF682の機能を阻害する。ビスホスホネートであるTiludronateは、ZNF682の活性に潜在的に必要な金属イオンと結合し、機能阻害につながる可能性がある。TPCA-1によるNF-κB活性化の阻害は、ZNF682がNF-κBシグナル伝達経路の一部であれば、NF-κB活性の低下の結果としてその機能が阻害されることを示唆している。同様に、もしZNF682がNF-κB制御経路に関与しているのであれば、トリプトリドによるNF-κBの既知の阻害は、ZNF682の間接的な阻害につながる可能性がある。Cdc25ホスファターゼ阻害剤であるNSC 95397は、ZNF682の活性がリン酸化に依存していると仮定すると、そのリン酸化状態に影響を与えることによってZNF682を阻害することができる。最後に、プロテアソームを阻害するMG-132は、ZNF682を無秩序に増加させ、調節機構の異常による機能阻害をもたらす可能性がある。
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