Ypk2阻害剤は主に、Ypk2のリン酸化とそれに続く活性化に寄与する上流のキナーゼやシグナル伝達複合体を標的とする。例えば、WortmanninとLY294002はPI3K阻害剤として作用し、Ypk2のリン酸化と活性化に不可欠なPDK1の活性を減弱させる。この正確な作用機序により、Ypk2は活性の低い状態を維持し、Ypk2の制御下にある脂質代謝や細胞生存経路のような下流のプロセスに影響を与える。GSK2334470とUCN-01はPDK1特異的阻害剤であり、Ypk2の主要な活性化部位をリン酸化し、酵素的に不活性な状態にする。
Rapamycin、KU-0063794、PP242のような別の重要な化合物群は、mTOR複合体、特にYpk2の直接因子であるTORC2を阻害する。TORC2が介在するリン酸化を阻害することにより、これらの阻害剤はYpk2の活性化を大幅に抑制する。さらに、MK-2206はAkt阻害を介して作用し、PDK1、ひいてはYpk2をアップレギュレートするようなフィードバックループを減少させる。NVP-BEZ235のようないくつかの阻害剤は、PI3KとmTORの両方に対して二重の阻害作用を示し、Ypk2の活性化経路を包括的に遮断する。このように標的が多様化することで、Ypk2の酵素機能をより広範かつ特異的に阻害することができる。
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