VPS37Cの化学的阻害剤は、細胞内のエンドソーム輸送系に不可欠なタンパク質の機能を阻害するために、様々なメカニズムを採用している。コンカナマイシンAとバフィロマイシンA1は液胞型H+-ATPase(V-ATPase)を標的とし、エンドソームとリソソームの酸性化を阻害する。この阻害はこれらの小器官内のpHを上昇させ、それによってエンドサイトーシス経路におけるVPS37Cの役割を阻害する。同様に、クロロキンやその類似体であるヒドロキシクロロキンは、NH4Clとともにエンドソームやリソソーム内の酸性環境を破壊する。pHを上昇させることで、これらの化学物質はVPS37Cの正常な機能を妨害する。VPS37Cは小器官の酸性度を選別と輸送のプロセスに依存している。
DynasoreやMiTMABのような他の阻害剤は、クラスリンでコートされた小胞の膜からの剥離に不可欠なGTPaseであるダイナミンを標的として作用する。ダイナミンの機能を阻害すると、エンドソーム小胞の適切な形成が妨げられ、小胞の輸送と細胞内の指定された場所への送達が妨げられることによって、間接的にVPS37Cに影響を与える。モノダンジルカダベリンは、主に自食作用マーカーとして知られているが、自食プロセスを阻害することによってVPS37Cを阻害する役割も担っており、これはエンドソームの選別と輸送に関連している可能性がある。ゲニステインは、チロシンキナーゼを阻害することで、エンドサイトーシス輸送を調節するシグナル伝達経路に影響を与え、その結果、間接的にVPS37Cの活性を調節する可能性がある。PI3K阻害剤であるWortmanninとLY294002は、輸送に必要なエンドソームソーティング複合体(ESCRT)機構を阻害することで、エンドソーム内のタンパク質を選別するVPS37Cの機能に不可欠な、初期のエンドソーム輸送を阻害する。最後に、EIPAは細胞内小器官の再酸性化を阻害することにより、エンドソームのpHを変化させ、タンパク質の選別と輸送におけるVPS37Cの役割に必要な機能的環境を破壊する。
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