USE1の化学的阻害剤は、小胞輸送に関与する様々な細胞メカニズムを標的とすることで、タンパク質の機能を阻害することができる。アルスターパウロンは、CDK5/p25複合体(リン酸化イベントを通じて小胞輸送を監督する神経細胞シグナル伝達経路におけるUSE1の役割に間接的に影響を与えるキナーゼ)を阻害することによって作用する。同様に、Roscovitineは、細胞内輸送を制御するサイクリン依存性キナーゼ(CDK)を標的とするため、間接的にUSE1の機能に影響を与える。Gö6976は、プロテインキナーゼCアイソフォームを選択的に阻害することで作用を発揮します。これらのアイソフォームは、小胞融合やUSE1が促進する輸送プロセスなど、細胞内輸送の制御に関与しています。ホスホイノシチド3キナーゼに対するワートマンニンの阻害作用は、小胞形成を阻害し、このプロセスにおけるUSE1の役割を損なう。
同時に、小胞の移動に不可欠な細胞骨格成分を破壊する薬剤も、USE1を機能的に阻害する。ラトルンクリンAはアクチン単量体に結合し、小胞の運動に重要な重合を阻害する。Y-27632はRho関連プロテインキナーゼを阻害し、USE1が関与するアクチン細胞骨格の組織化、ひいては小胞輸送に影響を与える。ML-7は、ミオシン軽鎖キナーゼを阻害することにより、小胞移動のためのミオシン活性化を阻害し、USE1の機能に影響を与える。ノコダゾールやビンブラスチンのような化合物は、USE1が関与する小胞輸送を支える細胞足場の重要な構成要素である微小管ダイナミクスを破壊し、ノコダゾールは微小管を分解し、ビンブラスチンはその集合を妨げる。対照的に、タキソールは微小管を安定化させ、小胞輸送に必要な微小管の動的な再配列を妨げることによって、USE1の役割にも影響を与える。最後に、ブレフェルジンAとタプシガルギンは、それぞれオルガネラ機能とカルシウムホメオスタシスを標的とし、ブレフェルジンAはゴルジ装置を破壊し、タプシガルギンはサルコ/小胞体Ca2+-ATPaseを阻害し、どちらも小胞融合におけるUSE1の役割を阻害する状態に導く。
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