スクラッチ1の化学的阻害剤は、機能阻害を達成するために様々な経路を介して作用することができる。CyclopamineとJervineはヘッジホッグ(Hh)シグナル伝達経路を標的としており、この経路は神経分化における遺伝子転写の制御に不可欠であり、Scratch1が重要な役割を果たしている。これらの阻害剤はSmoothened(SMO)受容体に結合し、Hh経路のシグナル伝達を減少させ、Scratch1依存性の転写活性を阻害する。GANT61は、ヘッジホッグ経路の末端エフェクターであるGLI転写因子を直接標的とすることで、標的遺伝子の発現誘導を抑制し、Scratch1を阻害する。同様に、ロボトニキニンはソニック・ヘッジホッグ(Shh)に結合し、PTCH1との相互作用を阻害し、その結果、スクラッチ1を活性化する下流のシグナル伝達を阻害する。
別の面では、クルクミン、PKF118-310、IWP-2、XAV-939、LGK-974、PNU-74654などの阻害剤が、スクラッチ1が関与するプロセスの制御に関与しているWntシグナル伝達経路を阻害する。クルクミンはβ-カテニンの転写活性を阻害するが、これはScratch1の制御に関与していると考えられるWntシグナルの構成要素である。PKF118-310はβ-カテニン/Tcf-4アンタゴニストとして作用し、Scratch1の転写活性を抑制する。IWP-2はPorcupineを阻害することによってWnt産生を阻害し、Wntシグナル伝達の低下とそれに続くScratch1活性の低下をもたらす。XAV-939とLGK-974も同様に、それぞれAxinの安定化とWntリガンド分泌の阻止を介してWntシグナル伝達を阻害し、Scratch1活性の低下をもたらす。PNU-74654はβ-カテニンとTCFの相互作用を破壊し、二重阻害剤であるFH535はβ-カテニン/Tcfシグナル伝達だけでなく、ペルオキシソーム増殖剤活性化受容体(PPAR)シグナル伝達にも影響を及ぼし、総体的にスクラッチ1の転写活性の低下をもたらし、その機能を効果的に阻害する。
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