Pex7pの化学的阻害剤は、様々な生化学的経路を利用してその機能を阻害する。トリアクシンCは、アシル-CoAの生成に不可欠な長鎖アシル-CoA合成酵素を標的とし、それによってペルオキシソーム代謝に利用可能な基質を減少させ、間接的にPex7p活性に影響を与える。ペルヘキシリンは、長鎖脂肪酸をミトコンドリアに運ぶカルニチンパルミトイルトランスフェラーゼ系を制限し、これらの脂肪酸の細胞内蓄積を引き起こし、Pex7pが関与するペルオキシソームプロセスを阻害する可能性がある。同様に、チオリダジンはペルオキシソームへの長鎖脂肪酸の取り込みを阻害し、マトリックスの組成を変化させ、Pex7p輸入装置の最適な機能に影響を与える可能性がある。一方、ギンコライドはSUMO化プロセスを阻害する。この翻訳後修飾は多くのタンパク質にとって重要であり、もしこの修飾がPex7pやそのカーゴタンパク質にとって重要であれば、ギンコライドによる阻害は、ペルオキシソームへのタンパク質輸入におけるPex7pの役割に影響を与える可能性がある。
エブセレンとテトラデシルチオ酢酸は、それぞれ酸化ストレス応答とβ酸化経路を調節することによって影響を及ぼし、ペルオキシソーム環境の変化につながり、Pex7pの機能性に影響を与える可能性がある。クロフィブラート、フェノフィブラート、ベザフィブラートなどのPPARアゴニストは、ペルオキシソームの増殖を促進する。このようなペルオキシソームの生合成の急増は、オルガネラの輸入能力の過剰負担につながり、その結果、Pex7pのペルオキシソームへのタンパク質の輸入を促進する能力を妨げる滞留をもたらす可能性がある。ロバスタチンは、コレステロール合成を阻害することにより、ペルオキシソーム膜の性質を変化させ、Pex7pとペルオキシソーム膜およびそれに関連する輸入複合体との相互作用を損なう可能性がある。最後に、レプトマイシンBは、主に核外輸送の阻害剤であるが、ペルオキシソームタンパク質の発現に不可欠な転写因子の細胞内分布とレベルに影響を与えることによって、間接的にPex7pに影響を与え、それによってペルオキシソーム内でのPex7pの機能的能力に影響を与える可能性がある。
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