NAGSの化学的阻害剤(N-アセチルグルタミン酸合成酵素阻害剤としても知られる)は、この酵素の活性に間接的に影響を及ぼす様々な物質を包含する。阻害の間接的アプローチには、基質との競合、補酵素との干渉、尿素サイクルまたは関連代謝経路の調節が含まれる。例えば、L-ノルバリンやL-オルニチンは、NAGSが属する代謝経路と競合したり、その代謝経路にフィードバックを与えたりすることで、その活性に影響を与える。メチレンブルーや安息香酸ナトリウムのような調節剤は、直接NAGSを標的とはしないが、尿素サイクルの代謝要求に影響を与えることができ、間接的にNAGSの機能に影響を与える。
NAGSの間接的な阻害は、タンパク質合成、細胞のエネルギー状態、遺伝子発現のような、より広範な細胞プロセスにも関与する可能性がある。シクロヘキシミドやツニカマイシンのような化合物は、尿素サイクルに関与するものを含むタンパク質の生合成と適切なフォールディングを阻害し、その結果NAGSの機能が低下する可能性がある。同様に、レチノイン酸は遺伝子発現を変化させ、NAGSの合成に影響を与える可能性がある。クロロキンやラパマイシンなどの薬剤は、オートファジーやプロテアソーム分解のような細胞分解経路に影響を与え、NAGSやその制御タンパク質のターンオーバー速度を調節する可能性がある。
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