MIPEPの化学的阻害剤は、タンパク質のミトコンドリアコンテキストとそのATP依存性触媒活性に影響を与える様々なメカニズムによって阻害効果を発揮する。例えばオリゴマイシンAはミトコンドリアのATP合成酵素を標的として、MIPEPがその機能に依存するATPプールを大幅に減少させる。同様に、アンチマイシンAとロテノンは、それぞれ複合体IIIとIでミトコンドリアの電子輸送鎖を破壊し、MIPEPの活性に不可欠なATP産生の減少をもたらす。アジ化ナトリウムが複合体IVのシトクロムc酸化酵素を阻害すると、ATP合成がさらに減少し、MIPEPのエネルギー依存的な働きが困難になる。CCCPはアンカプラーとして作用し、ミトコンドリア膜を横切るプロトン勾配を溶かすが、これもATP生成、ひいてはMIPEPの活性に打撃を与える。
MIPEPの構造と機能に重要な金属イオンを妨害する化合物も、MIPEPの阻害に一役買っている。塩化亜鉛は、そのメタロプロテアーゼドメインに必要な金属イオンと競合することで、MIPEPを直接阻害することができる。同様に、塩化カドミウムはこれらの必須金属を置換し、MIPEPの酵素プロセスを妨害することができる。2-テノイルトリフルオロアセトンはMg2+イオンをキレートし、MIPEPの金属依存性酵素作用を無力化する可能性がある。カルボキシンとアロプリノールの広範な作用は、それぞれコハク酸デヒドロゲナーゼとキサンチンオキシダーゼに対する作用を通じて、ミトコンドリア機能とATPの利用可能性を変化させることにより、MIPEPの間接的な抑制につながる。テトラサイクリンのカルシウム結合は、ミトコンドリアのカルシウムホメオスタシスを破壊することにより、間接的にMIPEPに影響を与える可能性がある。オーラノフィンは、チオレドキシン還元酵素を標的とすることで、ミトコンドリア内の酸化還元状態の変化を誘導することができ、この状態はMIPEPのようなミトコンドリアタンパク質の適切な機能を阻害すると考えられる。
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