LONRF3活性化因子は、様々な細胞内メカニズムを通じてその効果を発揮し、細胞内のタンパク質の恒常性を維持するために重要なタンパク質の機能活性を高める。特に、ある種の活性化剤は、cAMPのような細胞内セカンドメッセンジャーを増加させ、その結果、プロテインキナーゼAのような下流のキナーゼが活性化される。このような事象のカスケードは、LONRF3がタンパク質分解において重要な役割を果たしているユビキチン・プロテアソーム系のアップレギュレーションにつながる。さらに、ある種の化合物は、特定の酵素を阻害したり、活性酸素を発生させたりして、酸化ストレスを誘発する。その結果、ミスフォールドや損傷を受けたタンパク質が蓄積するため、タンパク質品質管理機構の介入が必要となるが、LONRF3のタンパク質分解活性は、細胞ストレスの影響を緩和し、プロテオスタシスを回復させるために極めて重要である。
さらに、他の活性化因子によるオートファジーの誘導は、ユビキチン-プロテアソーム経路と関連しており、タンパク質のオートファジー分解を管理するために、LONRF3活性の上昇につながる可能性がある。プロテアソーム自体を阻害すると、ユビキチン化されたタンパク質が蓄積し、分解能力の低下を補うためにLONRF3活性の亢進が必要であることを間接的に知らせることができる。その他の活性化因子は、細胞内カルシウムのホメオスタシスを破壊したり、特定のキナーゼを阻害したりして、アンフォールドタンパク質応答などのストレス応答を引き起こし、アンフォールドタンパク質やミスフォールドタンパク質の負荷の増大に対処するために、LONRF3活性を高める。
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