DDX10の化学的阻害剤は、このタンパク質のヘリカーゼ活性を阻害するために多様なメカニズムを利用する。ノボビオシンはDDX10のATPaseドメインを標的とし、ATP結合とそれに続くヘリカーゼ活性を阻害する。Suraminはヌクレオチドや核酸と相互作用することで、酵素のATP加水分解能力を阻害し、DDX10を阻害することができる。オーリントリカルボン酸は、DDX10の核酸結合部位に結合することで、DDX10とそのRNA基質との相互作用を阻害し、タンパク質とRNAとの機能的相互作用を効果的に無力化する。
臭化エチジウム、ベルベリン、アムサクリン、ダウノルビシン、ミトキサントロン、アクチノマイシンDはすべて、DDX10が関与するはずの核酸を妨害することによって作用する。臭化エチジウムとベルベリンは核酸にインターカレートし、RNAやDNAの構造を変化させる。インターカレート剤による核酸のこの構造変化は、DDX10のヘリカーゼ活性の障害となる。オキサリプラチンはDNA付加体を形成し、DDX10のヘリカーゼ機能では乗り越えられない架橋をDNA内に作り、その結果、DDX10の活性を阻害する。アクチノマイシンDはDNAに結合し、転写部位と相互作用部位をブロックしてDDX10がアクセスできないようにし、ヘリカーゼの巻き戻し作用を妨げる。ヘパリンは、主に抗凝固作用で知られているが、核酸と相互作用するタンパク質に結合する能力も持っている。DDX10に結合して、タンパク質が核酸基質と結合するのを立体的に阻害し、ヘリカーゼ活性を阻害することができる。
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