BRWD3阻害剤は、主にブロモドメインを標的とし、ヒストンのアセチル化パターンを変化させ、BRWD3の相互作用や機能に影響を与える可能性のある、多様な化学物質のクラスである。JQ1やI-BET151のようなブロモドメイン阻害剤は、ブロモドメイン内のアセチル-リジン認識ポケットに特異的に結合する。この結合は、BRWD3がヒストンや他のタンパク質上のアセチル化リジンを認識して結合する能力を損なう可能性がある。
VPAやSAHAなどのヒストン脱アセチル化酵素阻害剤は、BRWD3阻害剤のもう一つのセグメントを表している。これらの化合物はヒストンの全体的なアセチル化レベルを上昇させる。アセチル化されたヒストンは、ブロモドメインを持つタンパク質のドッキング部位として機能する。したがって、ヒストンのアセチル化が進むと、BRWD3のタンパク質-タンパク質相互作用のランドスケープが変化する可能性がある。一方、GSK126やUNC1999のような化合物は、EZH2のような酵素のメチルトランスフェラーゼ活性を阻害する。
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