ADAT2の化学的阻害剤は、タンパク質の機能に不可欠な細胞プロセスを破壊する能力に基づいて選択することができる。メチレンブルーは、一酸化窒素合成酵素を阻害することにより、細胞内の一酸化窒素レベルを低下させ、その結果、RNA代謝に影響を与え、tRNA修飾におけるADAT2の役割を間接的に阻害する可能性がある。酢酸鉛は、その必須金属イオンと結合することによってADAT2を阻害する可能性があり、一方、亜ヒ酸ナトリウムは、重要なシステイン残基を持つ酵素を阻害する可能性がある。クロロキンはリソソームなどの細胞内コンパートメントのpHを変化させ、ADAT2の輸送や分解を阻害する可能性がある。ブレフェルジンAは小胞体とゴルジ体間のタンパク質輸送を標的としており、もしADAT2が適切なフォールディングや成熟のためにこの経路を必要とするならば、その機能は損なわれるであろう。
一方、3-メチルアデニンは、特定の条件下でADAT2を分解する可能性のあるプロセスであるオートファジーを阻害し、タンパク質のおそらく機能しない形態の蓄積をもたらす。MG132は、ADAT2のターンオーバーを制御する可能性のある経路であるプロテアソーム分解を阻害し、その結果、欠陥のあるADAT2タンパク質が蓄積される。シクロヘキシミドやピューロマイシンのような化合物は、タンパク質合成を阻害し、細胞内のADAT2レベルの補充を妨げ、それによって間接的にその活性を阻害する。アクチノマイシンDやα-アマニチンはRNA合成を阻害し、ADAT2の修飾機能に必要なtRNA基質の利用可能性を低下させ、基質を奪うことで実質的にその活性を制限する可能性がある。最後に、カンプトテシンはDNA複製プロセスを破壊し、ADAT2の合成を含むタンパク質合成を助長しない細胞環境をもたらし、したがって細胞内のADAT2の機能的存在感を低下させる。
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