アシラーゼ1様2(ACY1L2)の化学的阻害剤には、様々な間接的メカニズムで酵素活性と相互作用する多様な化合物が含まれる。アセタゾラミドは炭酸脱水酵素を阻害することにより、細胞内の炭酸と重炭酸のバランスを変化させ、ACY1L2のpH依存的な立体構造に影響を与える。このpHの変化は酵素の活性を変化させ、特定の基質を加水分解する能力に影響を与える。メトトレキサートは、ジヒドロ葉酸還元酵素を阻害することにより、プリンヌクレオチド生合成とアミノ酸代謝に重要なテトラヒドロ葉酸の減少を引き起こす。この阻害は、特定のアミノ酸やペプチドの蓄積につながり、ひいてはACY1L2の活性に影響を及ぼす可能性がある。トリクロサンは脂肪酸合成を阻害し、膜の脂質組成に影響を与え、ACY1L2の活性に必要な最適な脂質環境を破壊する可能性がある。選択的エストロゲン受容体モジュレーターであるクロミフェンは、ACY1L2の発現レベルや基質・補因子の利用可能性に影響を及ぼす可能性のあるホルモン変化を引き起こす可能性がある。
さらに、ジスルフィラムはアルデヒド脱水素酵素を阻害することによりアセトアルデヒド濃度を上昇させ、ACY1L2の触媒活性を変化させる可能性がある。ピリミジンアナログである5-フルオロウラシルはDNA合成を阻害し、ACY1L2の基質となるタンパク質やペプチドの代謝経路に影響を与える可能性がある。オメプラゾールはH+/K+ ATPaseを不可逆的に阻害するため、胃のpHが変化し、全身のpH、ひいてはACY1L2の活性に影響を及ぼす可能性がある。チロシンキナーゼ阻害剤イマチニブは細胞内のリン酸化パターンを変化させ、ACY1L2の安定性や活性に影響を与える可能性がある。アザチオプリンはメルカプトプリンに代謝された後、プリン合成を阻害し、ACY1L2の機能に必要な代謝中間体のバランスを変化させる可能性がある。アミノグアニジンによる一酸化窒素合成酵素の阻害と高度糖化最終生成物の形成は、細胞環境を変化させ、ACY1L2の構造と機能に影響を与える可能性がある。ロバスタチンによるHMG-CoA還元酵素の阻害は、コレステロール合成に影響し、その結果、細胞膜の流動性を変化させ、ACY1L2の細胞膜内での局在や相互作用を変化させる可能性がある。最後に、テトラサイクリンは細菌のタンパク質合成を阻害することにより、通常ACY1L2と相互作用する細菌の代謝産物の産生に影響を与える可能性がある。
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