Gli inibitori chimici di MPP4 possono interferire con la sua attività attraverso vari meccanismi molecolari. La florizina, ad esempio, ostacola la funzione delle proteine di trasporto del sodio-glucosio, determinando una diminuzione dell'assorbimento di glucosio. Poiché MPP4 è una proteina associata al metabolismo dei fotorecettori che può dipendere dal glucosio, una riduzione della disponibilità di glucosio può inibire l'attività della proteina. L'ouabain ha come bersaglio la pompa Na+/K+-ATPasi, causando un aumento dei livelli di sodio intracellulare che successivamente altera l'equilibrio ionico cellulare. Dato il potenziale legame di MPP4 con il trasporto ionico, le alterazioni dell'omeostasi ionica possono avere un effetto diretto sulla sua attività. La brefeldina A interrompe l'apparato di Golgi, impedendo il traffico di proteine verso la membrana cellulare. Poiché l'MPP4 richiede il trasporto verso la membrana per funzionare correttamente, la sua attività può essere inibita dall'azione della brefeldina A. Analogamente, la monensina, in quanto ionoforo, interrompe i gradienti ionici, il che potrebbe portare a un declino della funzione dell'MPP4 se questa è legata al mantenimento dell'omeostasi ionica.
Proseguendo con i meccanismi di inibizione, la citocalasina D e la latrunculina A interrompono il citoscheletro di actina, il che potrebbe compromettere la localizzazione di membrana e la funzione di MPP4, dato che è associato alla membrana. La genisteina, che agisce come inibitore della tirosin-chinasi, può impedire la fosforilazione di MPP4 se la sua funzione è modulata attraverso tale modifica post-traslazionale, con conseguente inibizione della sua attività. W-7, un antagonista della calmodulina, può inibire MPP4 ostacolando i processi regolatori dipendenti dalla calmodulina. Gö 6983, un inibitore della protein chinasi C, potrebbe ostacolare l'attività di MPP4 se la sua funzione è regolata dalla fosforilazione attraverso questa chinasi. La colchicina, legandosi alla tubulina, inibisce la polimerizzazione dei microtubuli, essenziale per il trasporto cellulare, compreso il traffico di MPP4 verso il suo sito d'azione. Infine, la concanavalina A, che può reticolare le glicoproteine, può inibire l'MPP4 se la sua funzione dipende dall'interazione con specifiche glicoproteine, e la forskolina può indurre un'inibizione dell'attività dell'MPP4 promuovendo la sua fosforilazione attraverso la protein chinasi A, poiché aumenta i livelli di cAMP nelle cellule.
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