Les inhibiteurs indirects de la TRRAP (Transformation/Transcription Domain-Associated Protein) sont principalement des composés qui influencent le remodelage de la chromatine et la régulation épigénétique. La TRRAP est un cofacteur crucial dans divers complexes d'histone acétyltransférase, jouant un rôle important dans la modulation de l'expression des gènes. Comme il n'existe pas d'inhibiteurs chimiques directs de la TRRAP, l'accent est mis sur les composés qui modulent l'activité des histones acétyltransférases (HAT), des histones désacétylases (HDAC) et d'autres composants de la machinerie de remodelage de la chromatine. Des composés comme le C646, l'acide anacardique et le garcinol ciblent les HAT telles que p300 et CBP. En inhibant ces enzymes, ils peuvent indirectement affecter la fonction de TRRAP dans la régulation transcriptionnelle, puisque TRRAP est impliquée dans le recrutement de ces HAT à des loci génomiques spécifiques. L'inhibition des HAT entraîne une réduction de l'acétylation des histones, ce qui affecte par la suite les schémas d'expression génique dans lesquels TRRAP est impliquée.
Les inhibiteurs d'HDAC tels que le vorinostat, la trichostatine A, le MGCD0103, le panobinostat et l'entinostat empêchent l'élimination des groupes acétyles des queues d'histone, ce qui entraîne une structure ouverte de la chromatine et une augmentation potentielle de l'expression génique. Ces changements dans le paysage chromatinien peuvent indirectement influencer l'activité et les résultats fonctionnels des complexes associés à TRRAP. Le BIX-01294 et la 5-Azacytidine, qui ciblent respectivement l'histone méthyltransférase et l'ADN méthyltransférase, représentent une autre stratégie pour influencer indirectement l'activité de TRRAP. En modifiant les schémas de méthylation sur les histones ou l'ADN, ces composés peuvent modifier le paysage épigénétique global, ce qui peut avoir un impact sur les fonctions de régulation des gènes dans lesquelles TRRAP est impliquée.
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