Les inhibiteurs chimiques du récepteur Toll-like 13 (TLR13) agissent par différents mécanismes pour perturber la voie de signalisation normale de ce récepteur immunitaire inné. La chloroquine, la quinacrine et l'hydroxychloroquine agissent en augmentant le pH dans les endosomes. Cette élévation du pH entrave le processus de maturation de l'endosome, qui est une étape critique pour que TLR13 reconnaisse ses ligands ARN. Sans reconnaissance adéquate, la cascade de signalisation qui suit généralement la liaison du ligand est interrompue. Le chlorure d'ammonium, un agent lysosomotrope, augmente de manière similaire le pH endosomal, ce qui entraîne un effet inhibiteur comparable sur la signalisation du TLR13. La monensine, un ionophore, perturbe les gradients de pH en modifiant l'équilibre ionique nécessaire à l'acidification de l'endosome, ce qui inhibe indirectement le processus de reconnaissance essentiel à l'activation du TLR13.
D'autre part, la Bafilomycine A1 et la Concanamycine A ciblent la H+-ATPase de type vacuolaire (V-ATPase), une pompe à protons qui acidifie les endosomes. En inhibant la V-ATPase, ces composés empêchent l'endosome d'atteindre le pH acide nécessaire à la détection de ses ligands par le TLR13. L'E-64 et le Z-VAD-FMK, tous deux inhibiteurs de protéase, interfèrent avec le traitement protéolytique au sein des endosomes. Cette transformation est souvent une condition préalable à la présentation et à la reconnaissance correctes des ligands par le TLR13. La pepstatine A, un inhibiteur de protéase aspartique, perturbe également cette activité protéolytique critique au sein de l'endosome. La nystatine affecte l'intégrité de la membrane endosomale, ce qui peut interférer avec la reconnaissance des ligands par le TLR13. Enfin, l'U18666A modifie la composition de la membrane endosomale en inhibant le transport du cholestérol, ce qui peut perturber l'environnement membranaire nécessaire à la signalisation médiée par le TLR13. Chacun de ces produits chimiques, en affectant l'environnement endosomal ou les processus qui s'y déroulent, peut interrompre l'activité du TLR13, ce qui empêche le récepteur d'émettre un signal efficace lors de la reconnaissance du ligand.
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