Les inhibiteurs chimiques de RIM-BP2 peuvent exercer leurs effets inhibiteurs par le biais de divers mécanismes qui impliquent la perturbation de la dynamique du cytosquelette et du trafic des vésicules, deux éléments essentiels à la fonction de RIM-BP2 dans la libération des vésicules synaptiques. La phalloïdine, par exemple, se lie aux filaments d'actine et les stabilise, empêchant ainsi leur remodelage sur lequel RIM-BP2 s'appuie pour moduler l'activité synaptique. De même, la latrunculine A séquestre les monomères d'actine et la cytochalasine D se lie aux extrémités barbelées des filaments d'actine, ce qui entraîne une déstabilisation du cytosquelette d'actine utilisé par RIM-BP2. Le jasplakinolide stabilise également les filaments d'actine, mais d'une manière qui les enferme dans un état incompatible avec la mobilisation des vésicules synaptiques que RIM-BP2 soutient.
En outre, la blebbistatine et le ML-7 ciblent respectivement la myosine II et la myosine light chain kinase (MLCK), deux composants clés des systèmes contractiles qui contribuent au mouvement des vésicules, un processus auquel RIM-BP2 a été associé. L'inhibition de la protéine kinase associée à Rho (ROCK) par Y-27632 peut entraîner des changements dans la régulation de l'actine qui altèrent indirectement les fonctions synaptiques associées à RIM-BP2. La wiskostatine et le CK-636 inhibent tous deux des composants de la machinerie de polymérisation de l'actine, la wiskostatine inhibant le complexe N-WASP-Arp2/3 et le CK-636 ciblant spécifiquement le complexe Arp2/3, ce qui pourrait entraver les activités de RIM-BP2 liées à l'actine. De même, SMIFH2, en inhibant la formation de filaments d'actine médiée par la formine, peut perturber l'architecture de l'actine nécessaire au rôle de RIM-BP2. Enfin, les agents ciblant les microtubules, le Nocodazole et la Colchicine, peuvent inhiber RIM-BP2 en interférant avec les systèmes de transport basés sur les microtubules, qui font partie intégrante du positionnement et des capacités opérationnelles de RIM-BP2 aux jonctions synaptiques.
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