POLR2L peut déclencher une série d'événements intracellulaires qui conduisent à son activation. Des composés tels que l'A23187 et l'Ionomycine fonctionnent comme des ionophores calciques, qui facilitent l'afflux d'ions calcium dans la cellule. L'augmentation de la concentration intracellulaire de calcium peut avoir un effet direct sur les enzymes et les protéines dont l'activité nécessite des ions calcium. Comme POLR2L est une sous-unité de l'ARN polymérase II, qui a besoin de calcium pour fonctionner de manière optimale, ces ionophores peuvent renforcer le rôle de POLR2L dans le processus de transcription. Le phorbol 12-myristate 13-acétate (PMA), quant à lui, active la protéine kinase C (PKC), connue pour phosphoryler le domaine C-terminal (CTD) de l'ARN polymérase II. Cette phosphorylation est cruciale pour les phases d'initiation et d'élongation de la transcription, activant ainsi POLR2L. La forskoline agit par un mécanisme différent, en stimulant l'adénylate cyclase, ce qui entraîne des niveaux élevés d'AMP cyclique (AMPc). L'augmentation de l'AMPc active la protéine kinase A (PKA), qui peut alors phosphoryler et activer les facteurs de transcription qui travaillent en coopération avec POLR2L dans le cadre du complexe de l'ARN polymérase II.
Les inhibiteurs des protéines phosphatases, tels que l'acide okadaïque, la cantharidine et la caliculine A, maintiennent POLR2L dans un état activé en empêchant la déphosphorylation du CTD de l'ARN polymérase II. La phosphorylation persistante du CTD maintient POLR2L actif et engagé dans le processus d'élongation de la transcription. La brréfeldine A affecte indirectement POLR2L par la perturbation de l'appareil de Golgi, ce qui entraîne des réactions de stress cellulaire susceptibles d'accroître l'activité transcriptionnelle. Le rôle du MG-132 est d'inhiber le protéasome, ce qui empêche la dégradation des protéines qui régulent l'activité de l'ARN polymérase II, favorisant ainsi l'activation de POLR2L. L'action des inhibiteurs de l'histone désacétylase, tels que la trichostatine A et le butyrate de sodium, est de faciliter une structure chromatinienne plus détendue en augmentant l'acétylation des histones. Cette structure détendue permet à POLR2L, qui fait partie du complexe de l'ARN polymérase II, d'accéder plus facilement à l'ADN pour la transcription. Enfin, la 5-azacytidine, en étant incorporée dans l'ARN et l'ADN, entraîne des changements dans le schéma de méthylation de l'ADN, ce qui peut modifier les profils d'expression des gènes et indirectement l'activité de POLR2L par l'intermédiaire de la machinerie transcriptionnelle complexe.
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