Les inhibiteurs chimiques de la POEM peuvent exercer leurs effets inhibiteurs par le biais de divers mécanismes en ciblant des voies de signalisation et des processus cellulaires spécifiques. LY294002 et Wortmannin sont tous deux des inhibiteurs de la phosphoinositide 3-kinase (PI3K) qui peuvent conduire à l'inhibition fonctionnelle de la POEM en perturbant la voie PI3K/AKT, qui fait partie intégrante de la survie et de la prolifération des cellules. Cette perturbation peut entraîner une altération de l'adhésion et de la migration cellulaires, processus dans lesquels la POEM est impliquée. De même, le Dasatinib et le PP2, en tant qu'inhibiteurs des kinases de la famille Src, peuvent inhiber le rôle de la POEM dans l'adhésion et la migration cellulaires en interférant avec les cascades de signalisation qui régulent la structure du cytosquelette et les interactions cellule-cellule. Le marimastat et le GM6001, tous deux inhibiteurs de la métalloprotéinase matricielle (MMP), peuvent empêcher la dégradation de la matrice extracellulaire, un processus nécessaire à la migration cellulaire, inhibant ainsi indirectement le rôle fonctionnel de la POEM dans la promotion du mouvement cellulaire.
Parallèlement, la fonction de la POEM peut être indirectement inhibée par des produits chimiques interférant avec la voie MAPK. Le PD98059 et l'U0126 inhibent sélectivement la protéine kinase activée par les mitogènes (MEK), qui fait partie de la voie MAPK/ERK. L'inhibition de cette voie peut entraîner une diminution du rôle de POEM dans la transduction des signaux liés à la prolifération et à la différenciation cellulaires. Le SP600125, en tant qu'inhibiteur de la c-Jun N-terminal kinase (JNK), peut moduler la signalisation cellulaire liée à l'inflammation et à l'apoptose, qui sont des processus dans lesquels la fonction de la POEM peut être impliquée. L'inhibition spécifique de la MAP kinase p38 par le SB203580 permet également d'entraver les réponses inflammatoires et les processus apoptotiques dans lesquels la POEM est impliquée. En outre, la rapamycine, en ciblant la voie mTOR, peut indirectement inhiber la POEM en affectant la croissance et la prolifération cellulaires. Enfin, le Y-27632 inhibe la voie Rho/ROCK, ce qui peut entraîner une réduction de la motilité et de la contraction cellulaires, illustrant ainsi l'éventail des voies par lesquelles la fonction de la POEM peut être inhibée.
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