Les inhibiteurs chimiques de PDIK1L peuvent affecter sa fonction par différents mécanismes, principalement en entrant en compétition avec l'ATP pour le site de liaison ou en interférant avec la voie d'activation de la kinase. La staurosporine, connue pour son inhibition des kinases à large spectre, peut se lier à la poche de liaison de l'ATP de PDIK1L, entravant ainsi l'ATP nécessaire à la phosphorylation des substrats. De même, le Bisindolylmaleimide I, qui est un inhibiteur sélectif de la protéine kinase C, pourrait potentiellement inhiber PDIK1L de manière comparable en raison de l'homologie structurelle avec les kinases. Le H-89, qui cible la protéine kinase A, est un autre exemple qui peut inhiber PDIK1L en empêchant l'ATP de se lier à la kinase. Le LY294002 et la Wortmannine, tous deux inhibiteurs des phosphoinositides 3-kinases, peuvent interférer avec les voies de signalisation PI3K, ce qui peut être une condition préalable à l'activité kinase de PDIK1L.
En outre, le SP600125, qui inhibe la c-Jun N-terminal kinase, peut entraver les événements de phosphorylation médiés par JNK, qui peuvent être essentiels à l'activation de PDIK1L. U0126, un inhibiteur de MEK1/2 dans la voie MAPK/ERK, peut arrêter la signalisation en aval nécessaire à la fonction de PDIK1L. Le SB203580 inhibe spécifiquement la MAP kinase p38, et si l'activité de PDIK1L est médiée par cette voie, sa fonction peut être inhibée. Le lapatinib, qui cible les tyrosines kinases EGFR et HER2/neu, peut également inhiber PDIK1L s'il est activé par des voies impliquant ces récepteurs. L'Imatinib Mesylate, qui cible les tyrosines kinases comme BCR-ABL, c-Kit et PDGFR, et le Dasatinib, qui inhibe BCR-ABL et les kinases de la famille Src, peuvent empêcher la phosphorylation nécessaire à l'activation de PDIK1L si elle est effectivement régulée par ces kinases. Enfin, le Sorafenib, qui cible divers récepteurs tyrosine kinases impliqués dans la signalisation cellulaire, peut inhiber PDIK1L s'il fait partie d'une cascade de signalisation impliquant ces récepteurs. Chaque inhibiteur a un mode d'action unique, mais tous convergent finalement vers l'objectif commun d'entraver l'activité kinase de PDIK1L.
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