Les inhibiteurs de MBD3L3 constituent un groupe diversifié de composés chimiques qui agissent principalement en modifiant l'état de méthylation de l'ADN, qui est essentiel pour la liaison et la fonction de MBD3L3. MBD3L3, membre de la famille des domaines de liaison méthyl-CpG, reconnaît et se lie à l'ADN méthylé. Cette interaction est cruciale pour son rôle dans l'organisation de la chromatine et la régulation de l'expression des gènes. Des inhibiteurs tels que la 5-Azacytidine et la Zébularine sont incorporés dans l'ADN au cours de la réplication et piègent les ADN méthyltransférases, ce qui entraîne une diminution des niveaux de méthylation de l'ADN. En conséquence, la capacité de MBD3L3 à se lier à l'ADN méthylé est compromise, ce qui inhibe sa fonction.
D'autres inhibiteurs, tels que le RG108 et la génistéine, ciblent directement les ADN méthyltransférases, les empêchant d'ajouter des groupes méthyles à l'ADN. Cette hypométhylation de l'ADN réduit l'affinité de liaison de MBD3L3 à l'ADN, inhibant ainsi son activité fonctionnelle. Des composés comme la S-adénosyl homocystéine augmentent les niveaux d'homocystéine, qui entre en compétition avec la S-adénosylméthionine et entrave le processus de méthylation, diminuant indirectement l'action de MBD3L3. Les donneurs d'oxyde nitrique, comme le SNAP, et les inhibiteurs de la phosphodiestérase, comme la caféine, peuvent moduler les voies de signalisation intracellulaires qui influencent la machinerie de méthylation de l'ADN, ce qui crée un environnement moins propice à la liaison de MBD3L3.
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