Les inhibiteurs chimiques de MAP3K6 peuvent agir en divers points de la cascade de signalisation MAPK pour parvenir à une inhibition fonctionnelle. Le SP600125, un inhibiteur connu de la JNK, cible une kinase en aval de la voie des MAPK dans laquelle MAP3K6 s'insère. En inhibant la JNK, le SP600125 perturbe effectivement le relais de signalisation qui résulterait normalement de l'activation de MAP3K6, ce qui entraîne l'arrêt des effets en aval que MAP3K6 favoriserait normalement. De même, PD98059 et U0126 sont des inhibiteurs de MEK, une autre kinase qui opère en aval de MAP3K6. Ces composés empêchent MEK d'activer ERK, qui est un acteur clé de la voie MAPK. Cette interruption de la cascade de signalisation entraîne une inhibition fonctionnelle indirecte de MAP3K6, car le flux de la voie est entravé, ce qui empêche MAP3K6 d'exercer ses effets biologiques normaux.
Toujours dans le cadre de l'inhibition indirecte, des composés tels que SB203580, BIRB 796 et LY2228820 ciblent la MAP kinase p38, perturbant la voie de signalisation à un point en aval de MAP3K6. En empêchant l'activité de la MAPK p38, ces inhibiteurs annulent l'influence de la MAP3K6 dans la réponse au stress et la production de cytokines. Les inhibiteurs de kinases à spectre plus large, tels que le sorafénib, le sunitinib, le dasatinib, le gefitinib, l'erlotinib et le lapatinib, peuvent inhiber fonctionnellement MAP3K6 en ciblant d'autres kinases et récepteurs qui font partie de la voie des MAPK ou interagissent avec elle. Par exemple, l'activité du Sorafenib contre les kinases Raf et l'impact du Sunitinib sur les récepteurs tyrosine kinases peuvent entraîner une diminution de l'activité de MAP3K6, car ces kinases sont des régulateurs en amont de la voie des MAPK. L'inhibition des kinases de la famille Src par le Dasatinib et l'inhibition de l'EGFR par le Gefitinib, l'Erlotinib et le Lapatinib entraînent tous une atténuation de la signalisation qui activerait normalement MAP3K6, ce qui inhibe fonctionnellement la protéine en empêchant sa réponse cellulaire habituelle.
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