Les inhibiteurs chimiques du récepteur 3 de KDEL ciblent divers aspects de la fonction cellulaire pour perturber le rôle de la protéine dans le recyclage des protéines résidant dans le réticulum endoplasmique (RE) de l'appareil de Golgi vers le RE. La Brefeldine A et la Monensine interfèrent respectivement avec la formation des vésicules et les gradients de cations, qui sont essentiels au bon fonctionnement de l'appareil de Golgi. La perturbation causée par ces produits chimiques compromet la capacité du récepteur KDEL 3 à passer du Golgi au RE, inhibant ainsi sa capacité de recyclage des protéines. La tunicamycine et la castanospermine ciblent les processus de glycosylation et les enzymes glucosidases, qui sont essentiels au repliement et au trafic des glycoprotéines. Le récepteur KDEL 3 étant une protéine transmembranaire dont la fonction dépend d'une glycosylation adéquate, ces inhibiteurs peuvent altérer la capacité du récepteur à se lier aux protéines et à les recycler. De même, la Swainsonine et la Déoxynojirimycine inhibent les enzymes impliquées dans le traitement des glycanes, ce qui peut entraîner un mauvais repliement et une mauvaise localisation des glycoprotéines, y compris du récepteur 3 de KDEL, entravant ainsi sa fonction normale de recyclage.
Des inhibiteurs supplémentaires tels que la thapsigargin, qui perturbe l'homéostasie du calcium dans le RE, peuvent affecter l'affinité de liaison et le recyclage du récepteur 3 de la KDEL en raison de l'altération des niveaux de calcium. Les agents perturbateurs des microtubules, comme la colchicine et le nocodazole, inhibent directement le récepteur 3 de la KDEL en empêchant son trafic le long du réseau de microtubules, ce qui est essentiel pour son mouvement et sa fonction intracellulaires. La bafilomycine A1 et la chloroquine augmentent le pH dans les compartiments intracellulaires, affectant la liaison et la libération du ligand en fonction du pH, ce qui est crucial pour le processus de recyclage du récepteur 3 de la KDEL. Enfin, l'EerI induit un stress du RE et la réponse aux protéines non pliées, ce qui entraîne une accumulation de protéines mal pliées dans le RE. Ce stress peut effectivement inhiber la fonction du récepteur 3 de la KDEL en le submergeant d'un excès de protéines à recycler, entravant ainsi son rôle dans le maintien de l'homéostasie du RE.
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