Les inhibiteurs chimiques de Fibrillarin-like 1 peuvent être classés en fonction de leur mécanisme d'action et de leur interaction avec les domaines fonctionnels de la protéine ou les voies biochimiques associées. La S-adénosyl homocystéine entre en compétition avec la S-adénosylméthionine, le substrat donneur naturel de méthyle de la Fibrillarine-like 1, inhibant ainsi directement son activité de méthyltransférase. Cette inhibition compétitive est une approche courante pour réduire l'activité fonctionnelle des enzymes en fournissant un substrat alternatif qui se lie au site actif sans être transformé en produit, ce qui entraîne une diminution de l'activité catalytique de l'enzyme. De même, la méthylthioadénosine peut occuper le site actif de Fibrillarin-like 1, en ressemblant suffisamment à la structure de la S-adénosylméthionine pour empêcher l'enzyme de catalyser ses réactions normales de méthylation. BIX-01294, bien que ciblant principalement une méthyltransférase différente, peut également inhiber Fibrillarin-like 1 en entrant en compétition avec la fixation du substrat de l'enzyme, ce qui entraîne une diminution de sa fonction de méthyltransférase.
L'inhibition de Fibrillarin-like 1 s'étend aux produits chimiques qui interfèrent avec le statut de méthylation des acides nucléiques, qui sont essentiels pour le rôle de la protéine dans le traitement et la modification de l'ARNr. Des composés tels que la 5-azacytidine et la décitabine s'incorporent à l'ARN, perturbant le processus de méthylation sur les sites où la Fibrillarin-like 1 agirait normalement. Cette incorporation agit comme un obstacle pour l'enzyme, réduisant sa capacité à interagir avec ses substrats d'ARN. La zébularine, en inhibant les ADN méthyltransférases, pourrait modifier le schéma de méthylation de l'ADN de manière à influencer les substrats ARN de Fibrillarin-like 1, inhibant ainsi indirectement son activité. La quercétine inhibe les protéines kinases impliquées dans la phosphorylation des protéines qui peuvent réguler la Fibrillarine-like 1, réduisant ainsi son activité en empêchant son activation par ces kinases. Un autre composé, la chaetocine, est un inhibiteur connu des histones méthyltransférases et pourrait réduire la capacité de méthylation de Fibrillarin-like 1 en entrant en compétition avec les substrats de l'enzyme. Le disulfirame et l'hydralazine inhibent respectivement les métalloenzymes et les ADN méthyltransférases et peuvent réduire l'activité de Fibrillarin-like 1 en modifiant la disponibilité des cofacteurs métalliques ou les schémas de méthylation des acides nucléiques avec lesquels Fibrillarin-like 1 interagit. Enfin, l'épigallocatéchine gallate, un inhibiteur de l'ADN méthyltransférase, peut également entraîner l'inhibition de l'activité de Fibrillarin-like 1 en modifiant les schémas de méthylation de ses substrats d'acide nucléique.
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