Fibrillarin-like 1の化学的阻害剤は、その作用機序とタンパク質の機能ドメインや関連する生化学的経路との相互作用に基づいて分類することができる。S-アデノシルホモシステインは、Fibrillarin-like 1の天然のメチル基質であるS-アデノシルメチオニンと競合するため、そのメチル基転移酵素活性を直接阻害する。この競合的阻害は、生成物に変換されずに活性部位に結合する代替基質を提供することによって酵素の触媒活性を低下させる、酵素の機能的活性を低下させる一般的なアプローチである。同様に、メチルチオアデノシンはFibrillarin-like 1の活性部位を占有することができ、S-アデノシルメチオニンの構造によく似ているため、酵素が通常のメチル化反応を触媒するのを妨げる。BIX-01294は、主に別のメチル化酵素を標的としているが、酵素の基質結合と競合することによってフィブリラリン様1を阻害することもでき、その結果、メチル化酵素の機能が低下する。
フィブリラリン様酵素1の阻害は、核酸のメチル化状態を阻害する化学物質にも及び、核酸はrRNAを処理し修飾するタンパク質の役割にとって重要である。5-アザシチジンやデシタビンなどの化合物はRNAに取り込まれ、フィブリラリン様タンパク質1が通常作用するはずの部位でのメチル化プロセスを阻害する。この取り込みは酵素にとって障害となり、RNA基質との相互作用能力を低下させる。ゼブラリンはDNAメチル化酵素を阻害することにより、フィブリラリン様1のRNA基質に影響を与える形でDNAのメチル化パターンを変化させ、間接的にその活性を阻害するのかもしれない。ケルセチンは、フィブリラリン様1を制御しうるタンパク質のリン酸化に関与するプロテインキナーゼを阻害し、それによって、これらのキナーゼを介した活性化を妨げることによって、その活性を低下させる。別の化合物であるChaetocinは、ヒストンメチルトランスフェラーゼの阻害剤として知られており、酵素の基質と競合することによってフィブリルリン様1のメチル化能力を低下させる可能性がある。ジスルフィラムとヒドララジンは、それぞれ金属酵素とDNAメチル化酵素を阻害し、金属補酵素の利用可能性やフィブリラリン様1が相互作用する核酸のメチル化パターンを変化させることによって、フィブリラリン様1の活性を低下させる可能性がある。最後に、DNAメチル化酵素阻害剤であるエピガロカテキンガレートも、核酸基質のメチル化パターンを変化させることによって、フィブリラリン様1の活性を阻害することができる。
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