Les inhibiteurs d'EDEM3, en tant que classe chimique théorique, engloberaient les composés qui inhibent directement l'activité d'élagage du mannose de l'EDEM3 ou qui modulent la capacité de la voie ERAD à traiter les glycoprotéines mal repliées. L'inhibition directe de l'EDEM3 n'ayant pas été établie, les substances chimiques répertoriées sont celles qui peuvent influencer les voies et processus associés à la fonction de l'EDEM3. Parmi les inhibiteurs indirects, la kifunensine, la swainsonine, la castanospermine et la 1-désoxynojirimycine ciblent différents aspects du traitement des glycanes. En inhibant des mannosidases ou des glucosidases spécifiques, ces composés peuvent altérer la maturation des glycoprotéines, ce qui a un impact sur les substrats que l'EDEM3 reconnaîtrait et traiterait normalement. Cette altération peut conduire à une accumulation de protéines mal repliées, remettant en cause la capacité de la voie ERAD et influençant indirectement l'activité de l'EDEM3.
Les modulateurs de la protéostase comme le MG132 et l'eeyarestatin I peuvent provoquer une accumulation de protéines ubiquitinées, exacerbant le stress du RE et augmentant indirectement le fardeau de la fonction de l'EDEM3 au sein de la voie ERAD. La tunicamycine et la bréfeldine A perturbent la glycosylation des protéines et le trafic entre le RE et l'appareil de Golgi, respectivement, ce qui peut entraîner une charge accrue de protéines mal repliées qui nécessiteraient une dégradation médiée par l'EDEM3. Les inhibiteurs d'EDEM3 seraient des composés capables d'interférer avec sa fonction dans la voie ERAD, soit en inhibant directement son activité de type mannosidase, soit en influençant le processus de dégradation des glycoprotéines mal repliées. Toutefois, étant donné l'absence d'inhibiteurs spécifiques, nous pouvons envisager des produits chimiques qui influencent la voie ERAD ou les mécanismes de repliement et de dégradation des protéines dans le réticulum endoplasmique (RE).
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