L'ATHL1 peut agir par le biais de diverses voies de signalisation intracellulaires pour promouvoir sa phosphorylation et son activation ultérieure. La forskoline augmente directement les niveaux d'AMPc dans les cellules, ce qui peut activer la protéine kinase A (PKA). La PKA est connue pour phosphoryler les résidus sérine et thréonine sur ses protéines cibles, et si l'ATHL1 contient de tels résidus reconnaissables par la PKA, la forskoline peut conduire à son activation. De même, l'isoprotérénol fonctionne comme un agoniste bêta-adrénergique, augmentant également les niveaux d'AMPc et activant la PKA, qui peut alors cibler l'ATHL1. L'IBMX agit en inhibant les phosphodiestérases, empêchant ainsi la dégradation de l'AMPc et soutenant indirectement l'activité de la PKA, qui pourrait à nouveau cibler l'activation de l'ATHL1. Dans une voie différente, le phorbol 12-myristate 13-acétate (PMA) active la protéine kinase C (PKC), qui peut phosphoryler l'ATHL1 si elle possède des sites de phosphorylation spécifiques à la PKC. Le bisindolylmaléimide I, bien qu'étant principalement un inhibiteur de la PKC, peut également, dans certaines conditions, activer la PKC qui, à son tour, peut agir sur l'ATHL1.
Le facteur de croissance épidermique (EGF) stimule son récepteur, entraînant une cascade de phosphorylation par la voie MAPK/ERK, qui peut inclure l'ATHL1 comme cible en aval. L'ionomycine augmente les concentrations de calcium intracellulaire et peut activer les protéines kinases dépendantes du calcium et de la calmoduline (CaMK), qui pourraient phosphoryler l'ATHL1 si elle est un substrat de ces kinases. L'anisomycine, en inhibant la synthèse des protéines, active indirectement les protéines kinases activées par le stress, telles que JNK, qui peuvent également cibler l'ATHL1. La caliculine A et l'acide okadaïque inhibent tous deux les protéines phosphatases PP1 et PP2A, ce qui entraîne une augmentation générale de la phosphorylation des protéines dans la cellule; si l'ATHL1 est normalement déphosphorylée par ces phosphatases, ces inhibiteurs peuvent entraîner son activation en maintenant son état phosphorylé. Enfin, la spermine et le peroxyde d'hydrogène peuvent affecter l'ATHL1 par la modulation de l'activité du récepteur NMDA et la signalisation du stress oxydatif, respectivement, ce qui peut conduire à l'activation de diverses kinases qui peuvent cibler l'ATHL1.
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