Los inhibidores químicos de ZNRF1 funcionan modulando la actividad de las enzimas que fosforilan las proteínas que interactúan con esta ubiquitina ligasa. Por ejemplo, los inhibidores de GSK-3 como SB-216763, LiCl, BIO, CHIR99021, Indirubin-3'-monoxima, TWS119, AR-A014418, Tideglusib y AZD1080 pueden inhibir la fosforilación de sustratos que pueden tener un papel en la función de ZNRF1. Al impedir la adición de grupos fosfato a estos sustratos, los inhibidores pueden alterar la interacción entre ZNRF1 y sus sustratos. Se sabe que GSK-3 fosforila varias proteínas, que pueden interactuar con ZNRF1, afectando a su capacidad de etiquetar estas proteínas con ubiquitina. Sin las señales de fosforilación adecuadas, las dianas habituales de ZNRF1 pueden no ser reconocidas correctamente, lo que conduce a una disminución de la ubiquitinación mediada por ZNRF1.
Por otro lado, los inhibidores de HDAC como el ácido valproico, la tricostatina A y el vorinostat tienen un mecanismo de acción diferente. No inhiben directamente la actividad cinasa, sino que alteran el estado de acetilación de las proteínas. El cambio en la acetilación puede influir en las interacciones proteína-proteína que son cruciales para la función de ZNRF1. Las proteínas que normalmente son ubiquitinadas por ZNRF1 pueden tener patrones de acetilación alterados, lo que puede afectar a la forma en que ZNRF1 reconoce y procesa estos sustratos. Al cambiar el paisaje de acetilación de estas proteínas, los inhibidores HDAC pueden alterar la función normal de ZNRF1, lo que lleva a la reducción de la ubiquitinación de sus objetivos. Esta modulación de la acetilación de proteínas sirve como una forma indirecta de regular la actividad de ZNRF1 sin competir directamente con su actividad de unión a sustratos o de ubiquitina ligasa.
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