Os inibidores químicos do ZNRF1 funcionam modulando a atividade das enzimas que fosforilam as proteínas que interagem com esta ubiquitina ligase. Por exemplo, os inibidores da GSK-3, como o SB-216763, LiCl, BIO, CHIR99021, Indirubina-3'-monoxima, TWS119, AR-A014418, Tideglusib e AZD1080, podem inibir a fosforilação de substratos que podem ter um papel na função do ZNRF1. Ao impedir a adição de grupos fosfato a estes substratos, os inibidores podem alterar a interação entre o ZNRF1 e os seus substratos. A GSK-3 é conhecida por fosforilar várias proteínas, que podem depois interagir com o ZNRF1, afectando a sua capacidade de marcar estas proteínas com ubiquitina. Sem os sinais de fosforilação apropriados, os alvos habituais do ZNRF1 podem não ser reconhecidos corretamente, levando a uma diminuição da ubiquitinação mediada pelo ZNRF1.
Por outro lado, os inibidores da HDAC, como o ácido valpróico, a tricostatina A e o vorinostato, têm um mecanismo de ação diferente. Não inibem diretamente a atividade cinase, mas alteram o estado de acetilação das proteínas. A alteração da acetilação pode influenciar as interacções proteína-proteína que são cruciais para a função do ZNRF1. As proteínas que são normalmente ubiquitinadas pelo ZNRF1 podem ter padrões de acetilação alterados, o que pode afetar a forma como o ZNRF1 reconhece e processa estes substratos. Ao alterar a paisagem de acetilação destas proteínas, os inibidores da HDAC podem perturbar a função normal da ZNRF1, levando à redução da ubiquitinação dos seus alvos. Esta modulação da acetilação das proteínas é uma forma indireta de regular a atividade do ZNRF1 sem competir diretamente com a sua ligação ao substrato ou com a atividade da ubiquitina ligase.
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