La actividad de la TMEM12 se ve potenciada por la modulación de diversas vías de señalización celular y de la dinámica de los iones. La inhibición selectiva de los canales de sodio epiteliales por determinados compuestos provoca una acumulación intracelular de iones de sodio, que a su vez modulan las vías sensibles al sodio directamente vinculadas a la TMEM12, dando lugar a un aumento de su actividad. Otras moléculas estimulan la adenilato ciclasa, lo que provoca un aumento del AMPc en el interior de las células. Este aumento del AMPc activa la proteína quinasa A, que puede fosforilar varias dianas que interactúan con la TMEM12, potenciando indirectamente su función. Además, los análogos parecidos al diacilglicerol activan la proteína cinasa C, que fosforila proteínas que regulan o interactúan con la TMEM12, potenciando así su función dentro de la célula.
Otra implicación de la TMEM12 en la regulación de los procesos celulares se observa cuando se manipula la dinámica de los iones. Los ionóforos de calcio elevan los niveles de calcio intracelular, activando las proteínas dependientes del calcio que pueden interactuar con TMEM12, aumentando así su actividad. A la inversa, los quelantes del calcio inician un proceso de adaptación celular que puede implicar la activación de TMEM12 para restaurar la homeostasis del calcio. Los inhibidores de las tirosina quinasas y de los factores de ADP-ribosilación aumentan indirectamente la actividad de TMEM12 modulando las cascadas de señalización descendentes o compensando la alteración de la estructura de los orgánulos y el tráfico de vesículas. Además, la alteración de los estados de fosforilación, ya sea mediante la inhibición de las proteínas fosfatasas o el bloqueo de canales iónicos específicos, provoca un cambio en la actividad de varias proteínas, incluidas las que pueden estar implicadas en el tráfico, la localización o la regulación de TMEM12. Por ejemplo, si se inhibe una fosfatasa que normalmente desfosforila una proteína que interactúa con TMEM12, la fosforilación persistente de esa proteína podría conducir a un aumento funcional de TMEM12.
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