Los inhibidores de PPWD1 actúan de diversas maneras para impedir la actividad funcional de PPWD1, una proteína implicada en la isomerización de enlaces peptídicos en proteínas que contienen prolina y en la mediación de interacciones proteína-proteína a través de su dominio de repetición WD. Algunos de estos inhibidores se dirigen directamente al dominio peptidil-prolil isomerasa de PPWD1, uniéndose al sitio activo y obstruyendo su actividad enzimática. Esta acción de unión puede impedir que PPWD1 catalice la conversión de los isómeros cis y trans de los enlaces peptídicos, un paso esencial para el correcto plegamiento de muchas proteínas. Otros inhibidores funcionan uniéndose a dominios de ciclofilina relacionados, ejerciendo una inhibición competitiva, que puede reducir la actividad isomerasa de PPWD1. Esta inhibición competitiva puede ser particularmente eficaz debido a las similitudes estructurales que estos compuestos comparten con los sustratos naturales del dominio isomerasa.
Además, varios inhibidores actúan interrumpiendo procesos celulares que afectan indirectamente a la capacidad funcional de PPWD1. Por ejemplo, los compuestos que inhiben la señalización mTOR pueden provocar alteraciones más amplias en las vías de traducción y plegamiento de proteínas, afectando al espectro de proteínas que requieren PPWD1 para su maduración. Los inhibidores del proteasoma provocan una acumulación de proteínas mal plegadas dentro de la célula, lo que puede sobrecargar los sistemas de chaperonas, incluida la PPWD1, provocando un deterioro funcional de su actividad de isomerización. Del mismo modo, los inhibidores de Hsp90 interfieren con la maduración de una amplia gama de proteínas cliente, afectando posiblemente a las proteínas que interactúan con PPWD1 o son sustratos de ésta. Otros, al inhibir el proceso de síntesis proteica, reducen la disponibilidad de polipéptidos nacientes que normalmente serían sustratos de PPWD1, disminuyendo así su papel en el plegamiento y maduración de proteínas.
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