Los inhibidores químicos del PBF pueden ejercer sus efectos inhibidores a través de varios mecanismos que afectan a diferentes vías y procesos celulares. La leptomicina B, por ejemplo, se dirige a la proteína de exportación nuclear CRM1/exportina 1, esencial para el transporte de proteínas como el PBF entre el núcleo y el citoplasma. Al inhibir la CRM1, la leptomicina B hace que la PBF se acumule en el núcleo, lo que inhibe funcionalmente sus funciones citoplasmáticas. Del mismo modo, MLN4924 interrumpe la progresión del ciclo celular mediante la inhibición de la enzima activadora de NEDD8, que es responsable del proceso de neddilación que controla el recambio de proteínas. Esta interferencia puede impedir la regulación adecuada de las proteínas implicadas en la progresión del ciclo celular, incluida la PBF, al interrumpir las vías dependientes de la neddilación. Los inhibidores del proteasoma, como Bortezomib y MG132, contribuyen a la inhibición funcional del PBF al inducir la acumulación de proteínas que normalmente están marcadas para su degradación. Esta acumulación puede incluir PBF mal plegado o disfuncional, lo que conduce a un impedimento de la proteostasis celular y a una subsiguiente disminución de la forma funcional del PBF.
Además, el LDN-57444 inhibe la ubiquitina C-terminal hidrolasa L1, una enzima deubiquitinadora que desempeña un papel crítico en la vía ubiquitina-proteasoma. La inhibición de esta enzima puede conducir a la desregulación de proteínas como PBF que son integrales para el control del ciclo celular. La pir-41 se dirige a la enzima activadora de la ubiquitina E1, suprimiendo la conjugación de la ubiquitina con las proteínas, lo que puede inhibir la función del PBF al alterar el sistema ubiquitina-proteasoma. Los inhibidores de la histona desacetilasa, como el Vorinostat (ácido hidroxámico de sueroilanilida), la tricostatina A y el butirato sódico, alteran la estructura de la cromatina y la expresión génica, lo que puede inhibir indirectamente el PBF al afectar al entorno transcripcional de los genes asociados a la función del PBF. Además, la cloroquina y la 3-metiladenina inhiben la autofagia, un proceso que regula el recambio de componentes celulares. Al bloquear la autofagia, estas sustancias químicas inhiben indirectamente el PBF a través de la acumulación de proteínas que de otro modo se degradarían. Por último, la Concanamicina A inhibe el complejo proteico V-ATPasa, afectando a la acidificación de los orgánulos intracelulares e inhibiendo así la función de proteínas como el PBF al alterar su tráfico y procesamiento celular.
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