Los inhibidores químicos de PACS-1b funcionan a través de varios mecanismos que alteran las capacidades de clasificación y tráfico de la proteína dentro de la célula. La wortmannina, por ejemplo, se dirige a las fosfoinositido 3 quinasas (PI3K), esenciales para la formación de vesículas, y al inhibir las PI3K, impide el correcto funcionamiento de PACS-1b en el tráfico de vesículas. Dyngo-4a y MiTMAB son inhibidores de la dinamina; impiden la escisión de las vesículas recubiertas de clatrina, esencial para los procesos de endocitosis y exocitosis que regula PACS-1b. Pitstop 2, otro inhibidor, bloquea específicamente la endocitosis mediada por clatrina al impedir la interacción entre la clatrina y sus proteínas adaptadoras, que son cruciales para la formación de vesículas recubiertas de clatrina y, por tanto, el papel de PACS-1b en estos procesos. Del mismo modo, Exo1 interrumpe el complejo exocisto, que es clave para la unión de las vesículas a la membrana plasmática, un paso necesario para la vía exocítica en la que interviene PACS-1b.
Por otro lado, la Brefeldina A altera la estructura del aparato de Golgi, afectando directamente a la clasificación de proteínas asociada al PACS-1b en la red trans-Golgi. El golgicida A inhibe específicamente el factor 1 de resistencia al BFA del Golgi (GBF1), lo que provoca el cese del tráfico vesicular desde el Golgi mediado por el ARF, que es otra vía en la que el PACS-1b es crucial. ML141, un inhibidor de la GTPasa Cdc42, junto con EHOp-016 y CID 1067700, dirigidos contra la GTPasa Rac1 y ARHGAP21 respectivamente, alteran la organización del citoesqueleto de actina. Esta organización es fundamental para el movimiento de vesículas, del que depende PACS-1b para su función. Por último, SecinH3 y SMIFH2 inhiben las citohesinas y la familia de proteínas formina, que participan en la polimerización de la actina y la reorganización del citoesqueleto. La alteración de los procesos de transporte vesicular resultante de estas inhibiciones afecta a las funciones de clasificación y tráfico de PACS-1b, mostrando el amplio espectro de mecanismos que los inhibidores químicos pueden emplear para modular la función de esta proteína.
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