Los inhibidores químicos del receptor 3 de KDEL se dirigen a varios aspectos de la función celular para interrumpir el papel de la proteína en el reciclaje de proteínas residentes en el retículo endoplásmico (RE) desde el aparato de Golgi de vuelta al RE. La brefeldina A y la monensina interfieren con la formación de vesículas y los gradientes catiónicos, respectivamente, que son esenciales para el correcto funcionamiento del aparato de Golgi. La alteración causada por estas sustancias químicas compromete la capacidad del receptor 3 de KDEL para alternar entre el Golgi y el RE, inhibiendo así su capacidad de reciclaje de proteínas. La tunicamicina y la castanospermina se dirigen a los procesos de glicosilación y a las enzimas glucosidasas, críticas para el plegamiento y el tráfico de glicoproteínas. Dado que el receptor 3 de KDEL es una proteína transmembrana cuya función depende de una glicosilación adecuada, estos inhibidores pueden mermar la capacidad del receptor para unirse a las proteínas y reciclarlas. Del mismo modo, la swainsonina y la deoxinojirimicina inhiben las enzimas implicadas en el procesamiento de los glicanos, lo que puede dar lugar a un mal plegamiento y una mala localización de las glicoproteínas, incluido el receptor 3 de KDEL, obstruyendo su función normal de reciclaje.
Otros inhibidores, como el Thapsigargin, que altera la homeostasis del calcio en el RE, pueden afectar a la afinidad de unión y al reciclado del receptor 3 de KDEL debido a la alteración de los niveles de calcio. Los agentes que alteran los microtúbulos, como la colchicina y el nocodazol, inhiben directamente el receptor 3 de KDEL impidiendo su tráfico a lo largo de la red de microtúbulos, esencial para su movimiento intracelular y su función. La Bafilomicina A1 y la Cloroquina elevan el pH dentro de los compartimentos intracelulares, afectando a la unión y liberación del ligando dependiente del pH que es crucial para el proceso de reciclaje del receptor 3 de KDEL. Por último, EerI induce el estrés del RE y la respuesta de proteínas no plegadas, lo que conduce a una acumulación de proteínas mal plegadas en el RE. Este estrés puede inhibir eficazmente la función del receptor 3 de KDEL al abrumar al receptor con un exceso de proteínas que reciclar, impidiendo así su papel en el mantenimiento de la homeostasis del RE.
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