Los inhibidores químicos de la GAP-assoc p62 pueden interrumpir su actividad a través de diversos mecanismos moleculares, principalmente dirigiéndose a vías que se encuentran aguas arriba de la GAP-assoc p62. Por ejemplo, la Wortmannina y el LY294002 son compuestos que inhiben las fosfoinositido 3-kinasas (PI3Ks), un grupo de enzimas implicadas en el inicio de la vía de señalización Akt. Dado que la GAP-assoc p62 opera corriente abajo de esta vía, la inhibición de la PI3K por estos compuestos resulta en una reducción de la fosforilación de Akt, que a su vez disminuye la activación de la GAP-assoc p62. De forma similar, Spautin-1, que induce la degradación de PI3K, conduce a una reducción de la actividad de PI3K y, por tanto, a una menor activación de los componentes aguas abajo, incluyendo GAP-assoc p62. La perifosina y la miltefosina, ambos alquilfosfolípidos, inhiben la activación de Akt, impidiendo así la fosforilación y posterior activación de GAP-assoc p62.
Además de los inhibidores de la vía PI3K/Akt, los compuestos dirigidos contra mTOR, una parte clave de la misma vía, también desempeñan un papel en la regulación de la actividad de GAP-assoc p62. La rapamicina y sus análogos, como PP242 y Palomid 529, inhiben mTOR por mecanismos diferentes; la rapamicina se une al complejo mTOR 1 (mTORC1), mientras que PP242 y Palomid 529 se dirigen al sitio de unión al ATP de mTOR o tanto a mTORC1 como a mTORC2, respectivamente. Esta inhibición conduce a una reducción de la señalización descendente, que incluye la actividad de GAP-assoc p62. Otros inhibidores específicos de Akt, como Triciribina, MK-2206, GSK690693 y AZD5363, impiden directamente la fosforilación y activación de Akt. Al inhibir selectivamente Akt, estos compuestos aseguran que no se produzca la activación dependiente de fosforilación de GAP-assoc p62, reduciendo eficazmente su actividad funcional dentro de la célula. Cada uno de estos inhibidores actúa impidiendo la señalización necesaria para la activación de GAP-assoc p62, aunque mediante dianas moleculares y mecanismos diferentes.
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