Los inhibidores de EDEM3, como clase química teórica, abarcarían compuestos que, o bien inhiben directamente la actividad de recorte de manosa de EDEM3, o bien modulan la capacidad de la vía ERAD para manejar glicoproteínas mal plegadas. Dado que no se ha establecido la inhibición directa de EDEM3, las sustancias químicas enumeradas son las que pueden influir en las vías y procesos asociados a la función de EDEM3. Entre los inhibidores indirectos, la kifunensina, la swainsonina, la castanospermina y la 1-deoxinojirimicina actúan sobre diferentes aspectos del procesamiento de los glicanos. Al inhibir mannosidasas o glucosidasas específicas, estos compuestos pueden alterar la maduración de las glicoproteínas, afectando así a los sustratos que EDEM3 reconocería y procesaría normalmente. Esta alteración puede conducir a una acumulación de proteínas mal plegadas, desafiando la capacidad de la vía ERAD e influyendo indirectamente en la actividad de EDEM3.
Los moduladores de la proteostasis como el MG132 y la eeyarestatina I pueden causar una acumulación de proteínas ubiquitinadas, exacerbando el estrés del RE y aumentando indirectamente la carga sobre la función de EDEM3 dentro de la vía ERAD. La tunicamicina y la brefeldina A interrumpen la glicosilación y el tráfico de proteínas entre el RE y el aparato de Golgi, respectivamente, lo que puede conducir a un aumento de la carga de proteínas mal plegadas que requerirían la degradación mediada por EDEM3. Los inhibidores de EDEM3 serían compuestos que pueden interferir con su función en la vía ERAD, ya sea inhibiendo directamente su actividad mannosidasa o influyendo en el proceso de degradación de las glicoproteínas mal plegadas. Sin embargo, dada la falta de inhibidores específicos, podemos considerar sustancias químicas que influyan en la vía ERAD o en los mecanismos de plegamiento y degradación de proteínas en el retículo endoplásmico (RE).
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