La acción de los inhibidores de BAF57 se centraría en alterar la función normal del complejo SWI/SNF. Esto podría lograrse alterando la conformación de BAF57, impidiendo su incorporación al complejo o bloqueando sus sitios de interacción. Por ejemplo, una molécula que imite la estructura del ADN o de las histonas podría unirse a BAF57, inhibiendo así de forma competitiva su función normal en el proceso de remodelación de la cromatina. Alternativamente, un compuesto podría unirse al dominio ATPasa de las proteínas BRG1 o hBRM asociadas, que son esenciales para la remodelación de la cromatina dependiente de energía, impidiendo así indirectamente que BAF57 ejerza su función en el proceso.
Estos inhibidores actuarían esencialmente impidiendo el reclutamiento del complejo SWI/SNF en los genes diana, o paralizando la actividad remodeladora del complejo, lo que provocaría alteraciones en los patrones de expresión génica. La especificidad necesaria para inhibir selectivamente BAF57 dentro del complejo SWI/SNF plantea un reto importante, ya que el complejo es conocido por su composición dinámica y su multitud de interacciones con diversas proteínas y regiones del ADN. En consecuencia, el diseño de tales inhibidores requeriría un profundo conocimiento de la biología estructural de BAF57 y del intrincado funcionamiento del proceso de remodelación de la cromatina. En conjunto, los inhibidores de BAF57 representarían una clase de compuestos con capacidad para modular la expresión génica dirigiéndose directamente a la maquinaria de remodelación de la cromatina a nivel de la actividad e interacciones de BAF57 dentro del núcleo celular.
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