Chemische Inhibitoren von SMEK1 umfassen eine Vielzahl von Verbindungen, die in spezifische zelluläre Signalwege eingreifen können, was indirekt zu einer funktionellen Hemmung dieses Proteins führt. Okadainsäure und Calyculin A zielen beispielsweise auf die Aktivität der Proteinphosphatasen PP1 und PP2A ab. Durch die Hemmung dieser Phosphatasen verschiebt sich der Phosphorylierungszustand in der Zelle, was zu einer Hyperphosphorylierung von Proteinen führen kann, die ansonsten durch diese Enzyme dephosphoryliert würden. Eine solche veränderte Phosphorylierungslandschaft kann SMEK1 daran hindern, mit seinen Substraten zu interagieren oder ordnungsgemäß reguliert zu werden, wodurch seine Funktion beeinträchtigt wird.
Darüber hinaus kann H-89 als PKA-Inhibitor die Phosphorylierung von Proteinen innerhalb des SMEK1-Wegs verändern und damit indirekt dessen Funktion hemmen. Rapamycin hemmt spezifisch mTOR und unterbricht damit die mTORC1- und mTORC2-Komplexe, die für die Lokalisierung oder die regulatorische Funktion von SMEK1 innerhalb bestimmter Signalwege wesentlich sein können. LY294002 und Wortmannin, beides PI3K-Inhibitoren, können die Aktivierung nachgeschalteter Ziele innerhalb PI3K-abhängiger Signalwege verhindern, die für die Aktivität von SMEK1 entscheidend sein könnten. U0126 und PD98059, die MEK1/2 im MAPK/ERK-Signalweg hemmen, können ebenfalls zu einer Hemmung von SMEK1 führen. Triciribin kann durch die selektive Hemmung von Akt SMEK1 beeinflussen. Die Hemmung der p38-MAP-Kinase durch SB203580 kann die Rolle von SMEK1 bei Stressreaktionswegen beeinflussen, und die Hemmung von JNK durch SP600125 kann SMEK1 beeinträchtigen.
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