Chemische Inhibitoren von RIM-BP2 können ihre hemmende Wirkung über verschiedene Mechanismen entfalten, die eine Störung der Zytoskelettdynamik und des Vesikeltransports beinhalten, die beide für die Funktion von RIM-BP2 bei der Freisetzung synaptischer Vesikel von wesentlicher Bedeutung sind. Phalloidin beispielsweise bindet und stabilisiert Aktinfilamente und verhindert so deren Umbau, auf den sich RIM-BP2 zur Modulation der synaptischen Aktivität verlässt. In ähnlicher Weise sequestriert Latrunculin A Aktinmonomere, und Cytochalasin D bindet an die mit Widerhaken versehenen Enden von Aktinfilamenten, was jeweils zu einer Destabilisierung des Aktinzytoskeletts führt, das RIM-BP2 nutzt. Jasplakinolid stabilisiert ebenfalls Aktinfilamente, aber auf eine Art und Weise, die sie in einem Zustand festhält, der mit der synaptischen Vesikelmobilisierung, die RIM-BP2 unterstützt, nicht vereinbar ist.
Darüber hinaus zielen Blebbistatin und ML-7 auf Myosin II bzw. Myosin Light Chain Kinase (MLCK) ab, beides Schlüsselkomponenten in den kontraktilen Systemen, die zur Vesikelbewegung beitragen, einem Prozess, mit dem RIM-BP2 in Verbindung gebracht wird. Die Hemmung der Rho-assoziierten Proteinkinase (ROCK) durch Y-27632 kann zu Veränderungen in der Aktinregulation führen, die indirekt die mit RIM-BP2 verbundenen synaptischen Funktionen beeinträchtigen. Wiskostatin und CK-636 hemmen beide Komponenten der Aktinpolymerisationsmaschinerie, wobei Wiskostatin den N-WASP-Arp2/3-Komplex hemmt und CK-636 speziell auf den Arp2/3-Komplex abzielt, was die aktinbezogenen Aktivitäten von RIM-BP2 behindern könnte. In ähnlicher Weise kann SMIFH2 durch die Hemmung der Formin-vermittelten Aktinfilamentbildung die Aktinarchitektur stören, die für die Rolle von RIM-BP2 erforderlich ist. Schließlich können die auf Mikrotubuli abzielenden Wirkstoffe Nocodazol und Colchicin RIM-BP2 hemmen, indem sie die auf Mikrotubuli basierenden Transportsysteme stören, die für die Positionierung und die operativen Fähigkeiten von RIM-BP2 an synaptischen Knotenpunkten wesentlich sind.
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