Chemische Inhibitoren von PISSLRE können ihre hemmende Wirkung über verschiedene Mechanismen entfalten, die die Kinaseaktivität des Proteins behindern. Staurosporin beispielsweise ist ein starker, nicht-selektiver Inhibitor von Proteinkinasen, einschließlich der Mitglieder der Familie der cyclinabhängigen Kinasen (CDK), zu denen PISSLRE gehört. Durch die Hemmung der CDKs reduziert Staurosporin direkt die Kinaseaktivität von PISSLRE. In ähnlicher Weise zielt Roscovitin auf CDKs ab, indem es deren Aktivität selektiv hemmt, was zu einer Verringerung der Fähigkeit von PISSLRE führt, Substrate zu phosphorylieren. Olomoucin und Purvalanol A binden ebenfalls an die ATP-Tasche der CDKs, verhindern die Bindung von ATP und hemmen somit die Phosphorylierungsaktivität von PISSLRE. Flavopiridol wirkt durch kompetitive Hemmung an der Nukleotid-Bindungsstelle, die den Zugang von PISSLRE zu ATP blockiert, das für seine Kinasefunktion notwendig ist.
Alsterpaullon und Butyrolacton I zielen beide auf CDKs ab, wobei Alsterpaullon mit ATP um die Bindung an die Kinasedomäne konkurriert und so PISSLRE an der Ausübung seiner Kinaseaktivität hindert. Butyrolacton I ist zwar besonders selektiv für CDK2, wirkt sich aber auch indirekt auf die Aktivität von PISSLRE aus, indem es die Phosphorylierungsvorgänge hemmt, die PISSLRE normalerweise erleichtern würde. Indirubin-3'-Monoxim wirkt, indem es die Kinasedomäne von CDKs allosterisch verändert und so die Fähigkeit von PISSLRE, seine Substrate zu phosphorylieren, beeinträchtigt. Dinaciclib, AZD5438 und R547 sind allesamt starke Inhibitoren mehrerer CDKs, was wiederum die Kinaseaktivität von PISSLRE verringert. Durch die Hemmung dieser Kinasen verringern diese Chemikalien die Fähigkeit von PISSLRE, Phosphatgruppen an seine Zielproteine anzuhängen. SNS-032 schließlich hemmt mit seiner Selektivität für CDKs wie CDK2, CDK7 und CDK9 die Kinaseaktivität von PISSLRE und beeinträchtigt damit die Rolle des Proteins bei der Zellzyklusprogression und der Signalübertragung aufgrund einer verringerten Substratphosphorylierung. Jede dieser Chemikalien stört die Kinaseaktivität von PISSLRE, indem sie auf die ATP-Bindungsstelle abzielt, die Kinasedomäne verändert oder die Aktivität von eng verwandten CDKs hemmt, die für die Funktionalität von PISSLRE notwendig sind.
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