Chemische Inhibitoren von MYLK3 üben ihre hemmende Wirkung über verschiedene Mechanismen aus, die auf spezifische Signalwege und Kinasen abzielen, die mit der funktionellen Rolle von MYLK3 in Verbindung stehen. ML-7 und ML-9 hemmen beispielsweise die Myosin-Leichtketten-Kinase (MLCK), was zu einem Rückgang der Phosphorylierung von Myosin-Leichtketten führt. Da MYLK3 diese Myosin-Leichtketten ebenfalls phosphoryliert, verringert die Wirkung von ML-7 und ML-9 indirekt die Verfügbarkeit des Substrats für MYLK3 und hemmt damit dessen Aktivität. In ähnlicher Weise unterdrückt Staurosporin, ein Breitband-Proteinkinaseinhibitor, die Proteinkinase C (PKC), die mit MYLK3 gemeinsame Signalwege hat, insbesondere bei der Regulierung der Muskelkontraktion. Durch die Hemmung der PKC vermindert Staurosporin indirekt die Fähigkeit von MYLK3, seine nachgeschalteten Ziele zu phosphorylieren.
Chemische Inhibitoren wie Wortmannin und LY294002 hemmen Phosphoinositid-3-Kinasen (PI3K) und unterbrechen damit die PI3K/AKT-Signalübertragung, die für viele zelluläre Prozesse, einschließlich derer, an denen MYLK3 beteiligt ist, entscheidend ist. Indem sie diesen Signalweg blockieren, tragen diese Hemmstoffe zur funktionellen Hemmung von MYLK3 bei. In ähnlicher Weise wirken H-89 und Gö 6976 auf die Proteinkinase A (PKA) bzw. die Calcium/Calmodulin-abhängigen Proteinkinasen. Die Hemmung dieser Kinasen durch H-89 und Gö 6976 kann die Phosphorylierung von Proteinen innerhalb desselben Signalwegs wie MYLK3 verringern und damit indirekt dessen Kinaseaktivität hemmen. Y-27632 und KN-93 beeinflussen durch Hemmung von ROCK bzw. CaMKII die Dynamik des Aktinzytoskeletts und die Kalzium-Signalwege, die beide für das ordnungsgemäße Funktionieren von MYLK3 wesentlich sind. Die Hemmung dieser Kinasen durch Y-27632 und KN-93 führt zu einer Verringerung der funktionellen Aktivität von MYLK3, da diese an verwandten Prozessen beteiligt ist. Darüber hinaus hemmen U0126, PD 98059 und SB 203580 spezifisch MEK1/2 bzw. p38 MAP-Kinase, die der ERK-Signalgebung vorgeschaltet sind. Da MYLK3 am ERK-Signalweg beteiligt ist, kann die Hemmung dieser Kinasen zu einer Abnahme der Kinaseaktivität von MYLK3 führen.
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