Chemische Hemmstoffe von HS6ST2 können ihre hemmende Wirkung über verschiedene biochemische Wechselwirkungen und Mechanismen entfalten. Suramin zum Beispiel hat ein breites Spektrum an Bindungsmöglichkeiten für mehrere Wachstumsfaktorrezeptoren und Enzyme, darunter auch Sulfotransferasen wie HS6ST2. Durch direkte Bindung an das aktive Zentrum oder die Substratbindungsstelle von HS6ST2 kann Suramin die normale Funktion des Enzyms behindern, die für die Übertragung von Sulfatgruppen auf seine Substrate unerlässlich ist. In ähnlicher Weise ist Triclosan für seine hemmende Wirkung auf die Enoyl-Acylträgerprotein-Reduktase bekannt, und es kann diese Hemmung auch auf andere Sulfotransferasen ausdehnen, indem es mit deren aktiven Stellen interagiert, was zu einer funktionellen Hemmung von HS6ST2 führt. Bisphenol A, das als endokriner Disruptor wirkt, kann sich an verschiedene Enzyme binden und möglicherweise die Enzym-Substrat-Interaktionen von HS6ST2 beeinträchtigen, wodurch seine Sulfatierungsaktivität gehemmt wird.
Darüber hinaus zeigen mehrere polyphenolische Verbindungen hemmende Wirkungen auf Proteinkinasen, die indirekt HS6ST2 hemmen können. Flavonoide wie Quercetin, Kaempferol und Genistein sowie Polyphenole wie Resveratrol sind in der Lage, an Proteinkinasen zu binden, was wiederum den Phosphorylierungszustand von HS6ST2 oder seiner Substrate verändern und damit die Enzymaktivität von HS6ST2 beeinflussen könnte. Curcumin, von dem bekannt ist, dass es eine Vielzahl von Proteinkinasen hemmt, kann HS6ST2 in ähnlicher Weise beeinflussen, indem es die Phosphorylierungsmuster des Proteins selbst oder seiner verwandten Proteine verändert. Chlorogensäure und Ellagsäure könnten, indem sie auf verschiedene Enzyme einwirken, mit dem aktiven Zentrum oder den allosterischen Stellen von HS6ST2 interagieren und so möglicherweise dessen Funktion hemmen. Catechine wie Catechin und Epigallocatechingallat (EGCG) sind bekannte Enzyminhibitoren, die direkt mit HS6ST2 interagieren und seine Sulfotransferase-Aktivität verhindern können, was zum Verlust seiner funktionellen Fähigkeit führt, die Übertragung von Sulfatgruppen auf seine spezifischen Substrate zu katalysieren.
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